结论：和解的案子是否会有案底，主要取决于案件的性质、所处的诉讼阶段以及法院的最终判决结果。
一、刑事案件和解与案底的关系
侦查阶段和解：
- 若犯罪嫌疑人与被害人达成和解，且情节显著轻微、危害不大，公安机关可依据《刑事诉讼法》的相关规定撤销案件，此时不会留下案底。
- 若犯罪情节轻微，不需要判处刑罚，公安机关移送检察院审查起诉后，检察院可作出不起诉决定，通常也不会留下案底。
审查起诉阶段和解：
- 在此阶段达成和解的，检察机关可以依法从宽处理。若存在法定不起诉情形，如犯罪已过追诉时效期限、经特赦令免除刑罚等，人民检察院应当作出不起诉决定，不会留下案底。
- 若证据不足，不符合起诉条件，检察院应作出不起诉决定，同样不会留下案底。
- 若检察机关提起公诉，法院经过审理对被告人作出有罪判决，则会留下案底，但和解可作为从轻处罚的情节。
审判阶段和解：
- 在审判阶段达成和解并履行相关义务的，法院可以对被告人从宽处罚。但只要法院最终判决被告人有罪，无论量刑轻重，都会留下案底。
二、自诉案件和解与案底的关系
未进入实质审判程序的和解：
- 在自诉案件中，如果双方当事人在法院受理后宣判前达成和解，并且自诉人撤回起诉，那么由于法院没有最终对被告人作出有罪判决，这种情况下被告人是不会留下案底的。
进入实质审判程序后的和解与判决：
- 即使双方当事人在诉讼过程中达成了和解，但如果法院经过审理认为被告人的行为已经构成犯罪，并依法作出了有罪判决，那么被告人就会留下案底。
三、特殊情况的考虑
- 即使案件以和解告终，但如果涉及到了严重的违法犯罪行为（如故意伤害、诈骗等），并且这些行为已经被司法机关立案侦查或者起诉，那么相关的记录还是可能会被保留在司法机关的档案系统中，形成一定的“案底”。
- 案底的存在会对个人的就业、升学、政审等方面产生负面影响。因此，即使达成和解，也应认真对待案件的处理结果，避免留下不必要的案底。
四、建议
- 在处理刑事案件或自诉案件时，如果希望避免留下案底，应尽早咨询专业律师，了解案件的性质、可能的法律后果以及和解的可行性。
- 如果决定和解，应确保和解协议的内容合法、有效，并尽可能在诉讼的早期阶段达成和解，以增加不起诉或撤销案件的可能性。
- 无论案件处于哪个阶段，都应积极配合司法机关的工作，如实陈述事实，提供证据，以争取最好的法律结果。
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