针对您提出的问题，即上门女婿户口不在女方家，但孩子希望上户口到女方名下，双方如何写协议的问题，以下是一个详细的解答和协议撰写建议：
一、理解户口登记原则
首先，需要明确的是，根据《中华人民共和国户口登记条例》及相关规定，新生儿户口登记原则上按照随父或者随母自愿选择原则，在其父亲或者母亲户口所在地登记户口。因此，在您的情况下，孩子完全有权选择上户口到女方名下。
二、协议撰写目的
撰写此协议的主要目的是明确双方（即上门女婿和女方家庭）对孩子户口登记到女方名下的共同意愿，并确保这一行为符合法律法规，同时避免未来可能出现的纠纷。
三、协议内容建议
以下是一个协议内容的示例，您可以根据实际情况进行调整和完善：
孩子户口登记协议
甲方（上门女婿）：[甲方姓名]，身份证号码：[甲方身份证号]
乙方（女方家庭代表）：[乙方姓名]，身份证号码：[乙方身份证号]
鉴于甲方与乙方家庭成员[具体关系，如妻子]已结婚，并育有子女[孩子姓名]，现就孩子户口登记事宜达成如下协议：
双方共同意愿：甲方与乙方家庭共同同意，将孩子[孩子姓名]的户口登记在乙方（即女方家庭）的户口簿上。
法律依据：本协议的签订基于《中华人民共和国户口登记条例》及相关法律法规的规定，确保孩子户口登记的合法性和有效性。
双方责任与义务：
未来变更与解除：如未来因特殊原因需要变更或解除本协议，双方应协商一致，并签订书面变更或解除协议。
争议解决：如双方在本协议履行过程中发生争议，应首先通过友好协商解决；协商不成的，可依法向人民法院提起诉讼。
协议生效与终止：本协议自双方签字（或盖章）之日起生效，至孩子户口登记完成并取得相关证件后终止。
其他：本协议一式两份，甲乙双方各执一份，具有同等法律效力。
甲方（签字/盖章）：[甲方签字/盖章]
日期：[签订日期]
乙方（签字/盖章）：[乙方签字/盖章]
日期：[签订日期]
四、注意事项
协议真实性：确保协议内容真实、合法、有效，双方签字（或盖章）应真实无误。
证件准备：在办理孩子户口登记时，需准备相关证件和资料，如《出生医学证明》、父母一方的居民户口簿、结婚证等。
法律咨询：如对协议内容或户口登记流程有疑问，建议咨询专业律师或当地公安机关户籍管理部门。
希望以上解答和协议撰写建议能对您有所帮助。如有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告知。