结论：办理营业执照本身是合法的商业行为，但“跑流水”是否违法需根据具体行为性质判断。若“跑流水”涉及虚构交易、虚开发票、洗钱或非法经营等行为，则可能构成违法甚至犯罪；若仅为正常经营中的资金往来，则不违法。以下从不同角度详细分析：

1. 办理营业执照的合法性

根据《中华人民共和国公司法》和《市场主体登记管理条例》，办理营业执照是设立公司或个体工商户的法定程序，只要提交的材料真实、合法，符合登记条件，即可依法取得营业执照。办理营业执照本身不涉及任何违法行为。

2. “跑流水”的合法性分析

“跑流水”通常指通过银行账户频繁进行资金往来，其合法性取决于资金往来的目的和性质：

• 合法情形：若资金往来是正常经营活动的结果（如销售商品、提供服务后的收款），且符合税务申报要求，则属于合法行为。
• 违法情形：
  • 虚构交易：通过伪造合同、发票等手段虚构交易，以套取银行贷款、骗取税收优惠或逃避监管，可能构成《刑法》中的“合同诈骗罪”或“虚开发票罪”。
  • 洗钱：若资金来源非法（如赌博、贩毒所得），通过“跑流水”掩盖资金来源，可能构成《刑法》中的“洗钱罪”。
  • 非法经营：若未取得相关资质（如金融牌照），通过“跑流水”从事资金支付结算业务，可能构成《刑法》中的“非法经营罪”。

3. 法律后果

• 行政责任：若“跑流水”涉及虚开发票或逃避税务监管，可能面临税务机关的罚款、补缴税款及滞纳金等行政处罚。
• 刑事责任：若行为构成犯罪（如合同诈骗罪、洗钱罪、非法经营罪），可能面临有期徒刑、拘役或罚金等刑事处罚。

4. 建议

• 合法经营：确保所有资金往来均基于真实交易，并依法进行税务申报和账务处理。
• 避免虚构交易：切勿通过伪造合同、发票等手段虚构交易，以免触犯法律。
• 咨询专业意见：若对资金往来的合法性存疑，建议及时咨询律师或税务专业人士，确保经营行为符合法律规定。

总结：办理营业执照是合法行为，但“跑流水”的合法性需根据具体行为性质判断。若涉及虚构交易、洗钱或非法经营等行为，则可能构成违法甚至犯罪。建议企业在经营过程中严格遵守法律法规，确保所有资金往来均合法合规。如有进一步疑问，可直接向我咨询。