两个事业单位合并后，通常不能保留两个事业法人。以下从不同角度进行详细分析：
事业单位合并的法律基础与原则
事业单位合并通常遵循一定的法律程序和原则，旨在优化资源配置、提高管理效率和服务质量。在合并过程中，法人的合并与注销是核心环节。根据相关法律法规，事业单位合并后，原法人资格一般会被注销，新的法人实体将继承原法人的权利和义务。
合并后法人资格的处理方式
吸收合并：
- 在吸收合并中，一个事业单位（吸收方）吸收另一个事业单位（被吸收方），被吸收方的事业法人资格被注销，吸收方继续存在并承担被吸收方的权利和义务。
- 这种情况下，显然不能保留两个事业法人，因为被吸收方的事业法人资格已经被注销。
新设合并：
- 在新设合并中，两个或两个以上的事业单位合并为一个新的事业单位，原各事业单位的事业法人资格均被注销，新设立的事业单位取得事业法人资格。
- 这种情况下，同样不能保留两个事业法人，因为原各事业单位的事业法人资格均已被注销，取而代之的是新设立的事业单位的事业法人资格。
实际操作中的考虑因素
- 合并协议：在合并过程中，各事业单位会签订合并协议，明确合并的方式、条件、程序以及合并后法人的权利和义务等。合并协议是处理法人资格问题的重要依据。
- 审批程序：事业单位合并需要经过相关部门的审批，包括编制管理部门、财政部门等。审批过程中，会对合并方案、法人资格处理等问题进行审查。
- 登记注册：合并完成后，新设立的事业单位需要按照相关规定进行登记注册，取得事业法人资格。同时，原各事业单位需要办理注销登记手续。
可能的例外情况
虽然通常情况下两个事业单位合并后不能保留两个事业法人，但在某些特殊情况下，如合并涉及多个独立核算的分支机构或部门，且这些分支机构或部门在合并后仍需保持相对独立的管理和运营时，可能会考虑保留部分事业法人资格。然而，这种情况非常罕见，且需要满足严格的法律条件和审批程序。
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