结论：跟在大货车后面，后轮刚过停止线后黄灯变红灯是否扣分，主要取决于车辆是否在红灯亮起前越过停止线，以及驾驶员是否能提供合理的解释和证据来证明自己的无过错。如果确实因大车遮挡视线导致误闯红灯，且能提供充分证据，一般不会被处罚；否则，若违反交通信号灯指示，则可能会被扣6分并罚款200元。
详细分析：
黄灯变红灯的基本规则：
- 根据《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》第三十八条，黄灯亮时，已越过停止线的车辆可以继续通行；红灯亮时，禁止车辆通行。这是判断车辆是否违章的基本法律依据。
跟大车后面黄灯变红灯的具体情况：
- 不会被认定为闯红灯的情况：
- 视线受阻无法及时判断：如果前方大车遮挡视线，导致驾驶人在黄灯亮起时无法及时看到信号灯变化，从而在红灯亮起时才越过停止线，且电子眼未能拍摄到完整的闯红灯过程（三张照片，即车辆在红灯亮起时未越过停止线、车辆在红灯亮起时已越过停止线但仍在路口内、车辆完全通过路口），这种情况下一般不会被认定为闯红灯。交通管理部门在认定时会考虑实际情况和驾驶人是否存在主观故意。
- 黄灯结束前已过停止线：如果在黄灯还未结束时，车辆已经完全越过停止线，即使随后红灯亮起，车辆继续正常行驶通过路口，也不属于闯红灯。
- 可能会被认定为闯红灯的情况：
- 驾驶人注意力不集中：如果驾驶人在跟车过程中注意力不集中，没有及时关注信号灯变化，在红灯亮起后仍然继续行驶并完成了闯红灯的整个过程（被电子眼完整拍摄到三张照片），则会被认定为闯红灯。
- 黄灯亮时未过停止线却加速通过：如果在黄灯亮起时车辆还未越过停止线，但选择加速通过路口，且在红灯亮起时车辆仍在路口中或还未完全通过，这种情况也将被视为违章。
处罚与申诉：
- 一般情况：跟在大车后面造成的闯红灯，处罚标准一般是扣6分，罚款200元。
- 特殊情况：如果能证明本人跟在大车后面，没有注意到交通信号灯是红灯而误闯红灯，可以到公安机关交通管理部门申请行政复议，提供充分的证据（如行车记录仪视频、目击者证言等）来证明自己的无过错，有可能免于追究法律责任。
建议：
- 驾驶员在通过路口时应保持足够的警觉，注意观察交通信号灯和其他交通状况，确保安全行驶。特别是跟在大车后面时，要提前预判信号灯的变化，避免因为视线受阻而误闯红灯。
- 了解并遵守当地的具体交通规定，因为不同地方的交通规则可能略有不同。
- 建议安装并使用行车记录仪等设备，以便在必要时提供证据来维护自己的合法权益。如果确实因为大车遮挡视线而误闯红灯，行车记录仪的视频可以作为有力的证据来支持你的申诉。
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