结论：在您已经分期还清借款的情况下，纪委是否还会调查处理，主要取决于借款行为本身是否涉及违纪违法问题，以及纪委是否已经启动了相关的调查程序。以下从不同角度为您详细分析：

1. 借款行为本身是否涉及违纪违法

   • 如果您的借款行为完全合法合规，比如借款利率在法律允许的范围内，借款用途合法，且没有利用职务之便为出借人谋取利益等，那么即使纪委进行调查，也不会因为借款行为本身而对您进行处理。
   • 如果借款行为存在违法违纪情况，比如高利贷、利用职务之便谋取私利等，那么即使您已经还清借款，纪委仍可能根据相关规定进行调查处理。

2. 纪委是否已经启动调查程序

   • 如果纪委尚未启动调查程序，且您的借款行为合法合规，那么一般情况下纪委不会主动介入调查。
   • 如果纪委已经启动了调查程序，那么无论您是否已经还清借款，纪委都会继续按照程序进行调查，并根据调查结果作出相应处理。这包括但不限于核实借款事实、调查借款用途、审查是否存在违纪违法行为等。

3. 还清借款对调查的影响

   • 还清借款本身并不会直接导致纪委停止调查。纪委的调查是基于借款行为本身是否涉及违纪违法，而不是基于借款是否已经还清。
   • 但是，如果您能够积极配合纪委的调查，提供相关证据证明借款行为的合法性，以及已经还清借款的事实，这有助于纪委更快地查明事实真相，从而可能减轻或免除对您的处理。

法律建议：

• 如果您担心纪委的调查，可以主动向纪委说明情况，提供相关证据证明借款行为的合法性以及已经还清借款的事实。
• 在配合纪委调查的过程中，保持诚实和透明，不要隐瞒或歪曲事实。
• 如果您认为纪委的调查存在不当之处，可以依法向相关部门提出申诉或投诉。

可能后果：

• 如果借款行为合法合规，且您积极配合纪委调查，那么一般不会产生不良后果。
• 如果借款行为存在违法违纪情况，或者您不配合纪委调查，那么可能会面临纪律处分或法律责任。

总之，在您已经分期还清借款的情况下，纪委是否还会调查处理取决于多种因素。如果您对此有疑虑或担心，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。