关于甲方从总包工程再分包的工程是否扣减取费的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要根据具体的合同条款、分包协议以及相关法律法规来综合判断。以下是我从不同角度为你进行的分析：
合同条款的约定：
- 在总包合同中，如果明确规定了分包工程的取费方式，包括是否扣减取费、扣减的比例或方式等，那么应当遵循合同条款的约定。
- 如果总包合同中没有明确规定，或者规定不明确，那么需要参考分包协议中的相关条款。分包协议是总包方与分包方之间就分包工程的具体事项达成的协议，其中应当包括取费方式的约定。
分包协议的具体内容：
- 分包协议中，双方应当就分包工程的范围、质量、工期、取费等关键事项进行明确约定。如果协议中规定了扣减取费的具体情形和比例，那么应当按照协议执行。
- 如果分包协议中没有明确规定扣减取费，或者规定与总包合同相冲突，那么可能需要通过协商、调解或诉讼等方式来解决争议。
相关法律法规的适用：
- 根据《中华人民共和国建筑法》等相关法律法规，分包工程应当遵循公平、公正、合理的原则进行取费。如果扣减取费违反了法律法规的强制性规定，或者损害了分包方的合法权益，那么该扣减行为可能是无效的。
- 在实际操作中，还需要考虑当地建设行政主管部门发布的取费标准或指导价等规范性文件，这些文件可能对分包工程的取费方式产生直接影响。
实际操作中的建议：
- 在签订总包合同和分包协议时，双方应当就取费方式等关键事项进行充分协商，并明确写入合同条款中，以避免后续争议。
- 如果发生争议，双方应当首先尝试通过协商、调解等方式解决；如果无法达成一致，可以考虑通过诉讼或仲裁等法律途径来维护自己的合法权益。
举例说明：假设一个总包工程中，总包方与分包方在分包协议中约定了分包工程的取费方式为“按照总包合同中的取费标准执行，但总包方有权根据实际情况扣减不超过5%的取费”。在这种情况下，如果总包方按照约定扣减了不超过5%的取费，那么该行为是合法的；如果扣减比例超过了约定或没有约定而擅自扣减，则可能构成违约或违法行为。
总结与建议：甲方从总包工程再分包的工程是否扣减取费，取决于合同条款的约定、分包协议的具体内容以及相关法律法规的适用。在签订合同时，双方应当就取费方式等关键事项进行明确约定；在发生争议时，应当通过合法途径来解决。如果你在这方面有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。