股东出资义务的确定，主要依据公司章程，但股东协议中的相关约定若不违反法律强制性规定且被公司章程所吸纳或确认，同样具有法律效力。以下是对此问题的详细分析：
一、公司章程是股东出资义务的主要依据
公司章程的法定性：
- 根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，公司章程是公司设立和运营的基本法律文件，对股东、公司、董事、监事、高级管理人员等具有约束力。
- 公司章程中明确规定了股东的出资方式、出资额、出资时间等关键信息，是股东履行出资义务的主要依据。
公司章程的修改程序：
- 公司章程的修改需经过股东会或股东大会的决议，并遵循法定的修改程序。
- 修改后的公司章程对全体股东具有约束力，包括新加入的股东和原有股东。
二、股东协议在特定情况下也具有法律效力
股东协议的补充性：
- 股东协议是股东之间就公司运营、管理、权益分配等事项达成的协议。
- 在不违反法律强制性规定和公司章程的前提下，股东协议可以对公司章程中的某些条款进行补充或细化。
股东协议与公司章程的一致性：
- 如果股东协议中的出资义务约定与公司章程中的规定一致，那么两者均具有法律效力。
- 如果股东协议中的出资义务约定与公司章程中的规定存在冲突，且该冲突无法通过解释或协商解决，那么通常应以公司章程的规定为准，因为公司章程具有更高的法律效力层级。但需注意，若股东协议中的约定被公司章程所吸纳或确认（例如，通过修改公司章程将股东协议中的内容纳入其中），则该约定同样具有法律效力。
股东协议的内部效力：
- 股东协议主要对签署协议的股东具有约束力。
- 如果股东协议中的出资义务约定未被公司章程所吸纳或确认，且该约定不违反法律强制性规定，那么该约定在签署协议的股东之间仍然具有法律效力。但对外（如对公司债权人）可能不具有直接的法律效力。
三、实际应用中的建议
明确约定：
- 在制定公司章程和股东协议时，应明确约定股东的出资义务，包括出资方式、出资额、出资时间等关键信息。
- 避免在公司章程和股东协议中出现模糊或冲突的条款，以减少后续纠纷的可能性。
遵循法定程序：
- 修改公司章程或签署股东协议时，应遵循法定的程序和要求，确保相关文件的合法性和有效性。
及时咨询专业律师：
- 在涉及股东出资义务的问题上，如有任何疑问或不确定之处，应及时咨询专业律师，以确保自身权益得到充分保护。
举例说明：假设某公司的公司章程中明确规定了股东A应出资100万元，出资时间为公司成立后一年内。同时，股东A与其他股东签署了一份股东协议，其中约定股东A应分期出资，首期出资50万元，剩余出资在公司成立后两年内完成。如果该股东协议未被公司章程所吸纳或确认，且无法通过解释或协商解决与公司章程的冲突，那么股东A应按照公司章程的规定，在公司成立后一年内出资100万元。但如果该股东协议被公司章程所吸纳或确认（例如，通过修改公司章程将分期出资的条款纳入其中），则股东A应按照修改后的公司章程（即股东协议中的约定）履行出资义务。
如有任何关于股东出资义务或其他公司法务方面的疑问，请直接向我咨询。