针对您提出的“军人妻子出轨怎么赔偿”的问题，这是一个涉及法律、道德及个人选择多个层面的复杂议题。以下是我为您提供的详细解答：
一、法律层面的赔偿
民事责任赔偿：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，若军人妻子出轨行为构成与他人同居等重大过错，并导致离婚，军人作为无过错方，有权要求损害赔偿。这种赔偿不仅包括物质损害赔偿，如因妻子出轨导致的财产损失，还包括精神损害赔偿，以弥补军人因此遭受的精神痛苦和心灵创伤。
刑事责任追究（针对第三者）：
- 依据《中华人民共和国刑法》第二百五十九条，明知是现役军人的配偶而与之同居或结婚的，构成破坏军婚罪，将处三年以下有期徒刑或者拘役。虽然这一条款主要针对第三者，但它也间接体现了法律对军人婚姻的特殊保护，以及出轨行为可能引发的严重法律后果。
二、离婚程序中的赔偿处理
协议离婚：
- 若双方就离婚事宜达成一致，包括赔偿问题，可签订离婚协议书，并到婚姻登记机关申请离婚登记。在协议中，应明确赔偿的金额、方式及时间等具体细节。
诉讼离婚：
- 若协商不成，军人可向法院提起离婚诉讼。在诉讼过程中，军人需提供充分证据证明妻子的出轨行为，并据此要求损害赔偿。法院将根据实际情况和法律规定，作出公正判决。
三、部队处理程序的支持
- 军人可向所在部队团以上政治机关反映情况，政治机关将进行调查并调解。若调解无果且军人坚持离婚，部队将出具相关证明材料，以协助军人通过法律途径解决赔偿问题。
四、道德层面的考量
- 出轨行为违背了婚姻忠诚义务，对婚姻关系造成严重伤害。在处理赔偿问题的同时，军人也应考虑与妻子的沟通，尝试通过夫妻咨询或家庭治疗等方式，看是否能够恢复婚姻关系。当然，这取决于军人个人的意愿和婚姻的实际状况。
五、综合建议
明确法律权益：
- 军人应首先了解自己在法律上的权利和可能的赔偿途径，以便在处理问题时能够做出明智决策。
寻求专业帮助：
- 在处理赔偿问题时，军人可寻求专业法律咨询，以确保自己的权益得到妥善保护。同时，若需要，也可寻求心理咨询以应对情感困扰和压力。
考虑个人情感和婚姻未来：
- 军人应根据实际情况和内心感受做出选择。若认为婚姻关系可挽回，可通过沟通、咨询等方式解决问题；若决定结束婚姻，则应与妻子协商离婚事宜，并确保赔偿问题得到妥善处理。
综上所述，军人妻子出轨后的赔偿问题需综合考虑法律、道德和个人选择等多个方面。军人在维护自己合法权益的同时，也应关注个人情感和婚姻的未来走向，作出明智且负责任的决策。