用犯罪所得偿还合法债务，其违法所得部分仍可依法追缴。以下是对此问题的详细分析：
法律依据
- 《中华人民共和国刑法》第六十四条：明确规定犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔。这一条款是追缴犯罪所得的基本法律依据，无论犯罪所得后续如何使用，包括偿还合法债务，都不影响其违法性的本质，因此应依法追缴。
追缴原则与方式
一般原则：
- 犯罪所得的来源非法性不因其后续用途而改变。即使犯罪所得被用于偿还合法债务，司法机关仍有权依法追缴。这是因为追缴的目的是剥夺犯罪分子的非法利益，恢复被害人的合法权益，以及维护社会的公平正义。
追缴方式：
- 公安机关追缴：在侦查阶段，公安机关有权通过冻结、扣押等方式追缴赃款。这是追缴犯罪所得的主要手段之一，公安机关会根据案件情况，及时采取措施，防止犯罪所得被转移或隐匿。
- 民事诉讼追偿：受害人可以提起附带民事诉讼或另行提起民事诉讼，要求犯罪人返还财物或赔偿损失。在民事诉讼中，受害人需要提供充分的证据证明犯罪所得的存在以及其与犯罪行为的关联性。
- 法院判决返还：法院在审理案件时，会依法对犯罪分子的违法所得进行追缴，或责令退赔给被害人。法院的判决具有强制执行力，犯罪分子必须履行判决确定的义务。
特殊情况处理：
- 债务接收方明知是犯罪所得：如果债务接收方明知是犯罪所得而接受偿还，司法机关可直接向其追缴。因为接收方在主观上存在恶意，其接受偿还的行为构成了对犯罪行为的帮助或掩饰。
- 债务接收方不知情：
- 符合善意取得条件：若接收方不知情且符合善意取得的构成要件（如善意、合理价格、完成法定公示等），则一般不能直接向其追缴。但被害人可通过其他途径弥补损失，如向犯罪分子追偿或要求国家赔偿等。
- 不符合善意取得条件：如接收方以明显不合理的低价接受财物偿债等，司法机关仍可依法追缴。因为接收方在接受偿还时存在过错或不当行为，其不应因犯罪分子的违法行为而获得利益。
追缴程序
- 侦查阶段：公安机关调查财物流向，确定犯罪所得及其去向，对符合追缴条件的财物采取相应措施。这是追缴程序的第一步，公安机关需要尽快查明案件事实，收集证据，为后续的追缴工作打下基础。
- 审查起诉阶段：人民检察院审查公安机关的追赃情况，监督追赃工作的合法性及全面性。人民检察院作为法律监督机关，需要对公安机关的追赃工作进行审查和监督，确保追赃工作的合法性和有效性。
- 审判阶段：法院根据查明的事实和证据，对犯罪所得财物的追缴问题作出判决，明确责令被告人退赔或处理已追缴的财物。法院的判决是追缴程序的最终结果，具有强制执行力。
注意事项
- 保护被害人权益：在追缴过程中，应确保被害人的合法权益得到及时保护，返还合法财产。这是追缴工作的根本目的之一，也是维护社会公平正义的重要体现。
- 避免新纠纷：在追缴过程中，应考虑犯罪分子可能存在的其他债务问题，防止引发新的纠纷。例如，如果犯罪分子还有其他合法债务需要偿还，应在追缴过程中予以合理考虑和安排。
- 区分善恶意图：在追缴过程中，应准确区分债务接收方的善恶意图，确保追缴工作的公正性与合理性。对于明知是犯罪所得而接受偿还的接收方，应依法追缴；对于不知情且符合善意取得条件的接收方，则不应直接追缴。
综上所述，用犯罪所得偿还合法债务，其违法所得部分仍可依法追缴。在具体操作中，需严格遵守法律法规，综合考虑多种因素，确保追缴工作的顺利进行，同时保护各方合法权益。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。