在继承纠纷中，当法院已经对存款份额进行了判决确认后，您确实有权申请强制执行，但这一过程需要遵循一定的法律程序和规定。以下是对此问题的详细解答：

一、判决生效的前提

首先，必须确保法院的判决已经生效。一审判决在上诉期届满后，如果双方均未提出上诉，则判决生效；如果是二审判决，则一经作出即生效。只有生效的判决才具有强制执行力。

二、申请强制执行的条件

1. 判决内容明确：判决中必须明确指定了存款的份额、归属以及支付方式等关键信息。
2. 银行不配合：如果银行在收到生效判决后，仍然拒绝按照判决内容支付存款，那么您就有权向法院申请强制执行。

三、申请强制执行的程序

1. 准备材料：您需要准备生效的判决书、身份证件以及其他可能需要的证明材料（如继承权证明书等）。
2. 提交申请：向作出判决的法院提交强制执行申请书，并附上相关证据材料。
3. 法院审查：法院会对您的申请进行审查，确认判决是否生效、申请是否符合法定条件等。
4. 发出协助执行通知书：如果法院认为您的申请符合条件，会向银行发出协助执行通知书，要求银行按照判决内容支付存款。

四、可能遇到的问题及解决方法

1. 银行内部流程问题：如果银行因内部原因拖延或阻碍执行，您可以先与银行沟通并要求加快办理。如果沟通无果，可以向法院反映情况，由法院督促银行履行义务。
2. 存款信息不明确：如果您不清楚被继承人的具体存款信息，可以向法院申请调查取证。法院会根据案件需要向相关银行查询，并获取必要的存款信息。

五、注意事项

1. 保持沟通：在整个过程中，与银行和法院保持有效沟通是非常重要的。这有助于及时了解案件进展、解决可能出现的问题。
2. 准备充分证据：为了确保申请强制执行的成功，您需要准备充分的证据来证明自己的继承权和银行的支付义务。
3. 寻求法律援助：如果您对法律程序不熟悉或遇到复杂问题，可以寻求专业律师的法律援助。他们可以提供专业的法律建议和帮助您维护自身合法权益。

综上所述，当继承纠纷判决确认了存款份额后，如果银行不配合支付，您确实有权向法院申请强制执行。但在此过程中，需要遵循一定的法律程序和规定，并准备充分的证据材料。如遇问题，应及时寻求法律援助以维护自身合法权益。