结论：商家事后补发合格证，对于已影响二次销售的商品，消费者能否退货需视具体情况而定，主要取决于商品买卖合同中的约定、商品存在问题的性质以及商家的行为是否构成违约等。
分析如下：
合同约定优先：
- 首先，应查看货物买卖合同中是否有关于商品合格证、退货条件及期限等具体条款。如果合同中明确规定了商家需随商品一同提供合格证，且未提供合格证或事后补发合格证导致商品无法在约定时间内退货或影响二次销售的，消费者有权依据合同约定要求退货。
商品存在质量问题：
- 如果商品本身存在质量问题，如性能不符合标准、存在安全隐患等，即使商家事后补发了合格证，消费者仍有权要求退货。因为合格证只是商品符合质量标准的一种证明，并不能改变商品本身存在质量问题的事实。
商家行为构成违约：
- 商家未按时提供合格证，可能构成对合同义务的违反。如果这一违约行为导致消费者无法在合理期限内发现商品问题或进行退货，消费者可以主张商家承担违约责任，包括要求退货、赔偿损失等。
影响二次销售的情况：
- 对于已影响二次销售的商品，如果是因为商家未按时提供合格证导致的，消费者在退货时可能需要与商家协商处理。商家可能会以商品已影响二次销售为由拒绝退货，但消费者可以主张商家应承担因其违约行为导致的损失。
- 如果商品本身没有问题，只是因为消费者个人原因（如不喜欢、尺寸不合适等）想要退货，且商品已因使用或拆封等影响二次销售，那么商家有权拒绝退货，除非合同中有特别约定或商家自愿承担损失。
法律建议：
- 与商家协商：首先，建议消费者与商家进行友好协商，说明情况并要求退货。在协商过程中，可以引用合同中的相关条款或相关法律法规来支持自己的主张。
- 保留证据：消费者应保留好购买合同、发票、商品照片、合格证（如有）等相关证据，以便在协商不成时向相关部门投诉或提起诉讼。
- 寻求法律援助：如果协商无果，消费者可以向当地消费者协会投诉或寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。
可能法律后果：
- 如果商家同意退货，消费者应按照商家的要求办理退货手续，并注意保留好退货凭证。
- 如果商家拒绝退货且消费者认为自己的权益受到侵害，可以向相关部门投诉或提起诉讼。在诉讼过程中，如果法院认定商家存在违约行为或商品存在质量问题，商家可能需要承担退货、赔偿损失等法律责任。