关于双方款项有争议时违约金起算时间的问题，这通常取决于合同中的具体约定以及相关法律法规的规定。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
合同有明确约定的情况：
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
- 分析：如果合同中明确约定了违约金的起算时间，比如“自违约行为发生之日起X日内支付违约金”，那么双方应当遵循这一约定。在此情况下，违约金的起算时间就是合同中约定的时间。
合同未明确约定的情况：
- 法律依据：同样依据《中华人民共和国民法典》，如果合同中没有约定违约金或者约定不明确，受损害方可以合理选择请求对方承担修理、重作、更换、退货、减少价款或者报酬等违约责任，或者要求对方支付因违约所造成的损失赔偿额。在涉及违约金起算时间的问题上，如果合同未明确约定，则可能需要通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式来确定。
- 分析：
- 协商：双方可以尝试通过友好协商来确定违约金的起算时间，这通常是最快捷、最经济的解决方式。
- 调解：如果协商无果，双方可以寻求第三方调解机构的帮助，通过调解来达成一致意见。
- 仲裁或诉讼：如果调解也无法解决问题，双方可能需要通过仲裁或诉讼来裁决违约金的起算时间。在此过程中，法院或仲裁机构会根据合同的具体内容、交易习惯以及公平原则等因素来综合判断。
特殊情况下的违约金起算时间：
- 分析：在某些特殊情况下，比如合同中存在欺诈、胁迫等情形，或者合同本身无效或被撤销，那么违约金的起算时间可能会受到影响。此时，需要根据相关法律法规的规定以及具体情况来判断。
法律建议：
- 在签订合同时，双方应当尽可能明确约定违约金的起算时间、计算方式以及支付条件等条款，以避免后续产生争议。
- 如果合同中未明确约定违约金起算时间，双方应当首先尝试通过协商或调解来解决争议。
- 如果协商或调解无果，双方可以考虑通过仲裁或诉讼来裁决违约金的起算时间。在此过程中，建议寻求专业律师的帮助，以确保自身权益得到充分保障。
可能产生的法律后果：
- 如果双方无法就违约金的起算时间达成一致意见，可能会导致合同无法继续履行或者产生额外的法律纠纷。
- 在仲裁或诉讼过程中，如果一方被认定存在违约行为，可能需要承担支付违约金、赔偿损失等法律责任。
总结：违约金的起算时间主要取决于合同中的具体约定以及相关法律法规的规定。在签订合同时，双方应当尽可能明确相关条款；在产生争议时，应当首先尝试通过协商或调解来解决；如果无法解决，则可以考虑通过仲裁或诉讼来裁决。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。