结论：承包商用有严重农药污染的泥土填地基，这一行为本身不一定直接构成犯罪，但可能涉及多个法律层面的责任，包括民事责任、行政责任，甚至在特定情况下可能构成刑事犯罪。
一、民事责任
合同违约：如果承包商与发包方（如房主或建设单位）之间存在合同关系，且合同中明确规定了地基填土的质量标准或环保要求，那么承包商使用有严重农药污染的泥土填地基，显然违反了合同约定，应当承担违约责任。这包括赔偿因违约行为给发包方造成的损失，如地基处理费用、工期延误损失等。
侵权责任：即使合同中没有明确规定，如果承包商的行为导致了地基污染，进而影响了房屋的安全使用或对周边环境造成了损害，那么承包商也可能构成侵权，需要承担侵权责任。这包括赔偿因污染造成的直接损失和间接损失，如房屋价值减损、居民健康损害赔偿等。
二、行政责任
环保法规违反：根据《中华人民共和国环境保护法》及相关环保法规，任何单位和个人都有保护环境的义务，不得随意排放、倾倒或者处置含有污染物的废弃物。承包商使用有严重农药污染的泥土填地基，可能构成违法排放污染物的行为，面临环保部门的行政处罚，如罚款、责令改正、停产整顿等。
建设法规违反：在建设工程领域，地基处理是确保建筑物安全的重要环节。如果承包商的行为违反了建设工程质量管理条例或相关技术标准，也可能面临建设行政主管部门的行政处罚。
三、刑事责任
污染环境罪：在特定情况下，如果承包商的行为严重污染环境，且后果特别严重，可能构成《中华人民共和国刑法》中的污染环境罪。这要求污染行为必须达到“严重污染环境”的程度，并且通常需要造成公私财产重大损失或人身伤亡的严重后果。
其他相关犯罪：如果承包商在填地基过程中存在故意隐瞒、欺骗等行为，或者与其他犯罪行为（如贪污、受贿等）有关联，也可能构成其他犯罪。
建议
立即停止行为：如果发现承包商正在使用有严重农药污染的泥土填地基，应立即要求其停止行为，并采取措施防止污染扩散。
收集证据：收集相关证据，如污染泥土的样本、照片、视频等，以及合同、施工记录等文件，以备后续维权或投诉使用。
咨询专业律师：针对具体情况，咨询专业律师以了解更详细的法律责任和维权途径。作为专业律师，我可以为你提供更具体的法律建议和帮助。
向相关部门投诉：如果认为承包商的行为违反了相关法律法规，可以向环保部门、建设行政主管部门等相关部门投诉，要求其进行调查处理。