免于备案经营的医疗器械，在符合特定条件下，监管部门是可以下发责令整改通知书的。以下从多个角度对此问题进行详细分析：
一、法律法规依据
《医疗器械监督管理条例》：该条例是医疗器械监管的主要法律依据，其中明确规定了医疗器械的生产、经营、使用等各个环节的监管要求和法律责任。对于免于备案经营的医疗器械，虽然可能享受一定的政策优惠或简化流程，但并不意味着可以完全脱离监管。如果这类医疗器械在经营过程中存在违法违规行为，如未按照规定进行质量检验、未建立并执行进货查验记录制度等，监管部门有权依据相关法律法规进行查处，并下发责令整改通知书。
其他相关法规：除了《医疗器械监督管理条例》外，还有《医疗器械经营监督管理办法》等配套规章，这些规章进一步细化了医疗器械经营的监管要求和处罚措施。对于免于备案经营的医疗器械，如果违反了这些规章中的相关规定，同样可能面临责令整改等处罚。
二、责令整改的适用条件
责令整改通知书是监管部门对违法违规行为的一种行政措施，其适用条件通常包括：
存在违法违规行为：如未按照规定进行备案、未建立并执行相关管理制度、销售不符合标准的医疗器械等。
违法违规行为具有可整改性：即监管部门认为通过整改可以消除违法违规行为带来的风险或隐患。
整改符合公共利益要求：即整改不会对社会公共利益造成不利影响。
对于免于备案经营的医疗器械，如果其经营行为符合上述条件中的违法违规行为，且该行为具有可整改性，同时整改符合公共利益要求，那么监管部门就有权下发责令整改通知书。
三、实际操作中的考虑因素
在实际操作中，监管部门在决定是否下发责令整改通知书时，还会考虑以下因素：
违法违规行为的严重程度：如果违法违规行为较为轻微，且未造成严重后果，监管部门可能会选择先进行警告或口头指导，而不是直接下发责令整改通知书。
经营者的整改意愿和能力：如果经营者表现出积极的整改意愿，并具备相应的整改能力，监管部门可能会给予一定的整改期限，而不是立即下发责令整改通知书。
社会影响和公共利益：监管部门还会考虑违法违规行为的社会影响和公共利益因素。如果违法违规行为可能对社会公共利益造成较大影响，监管部门可能会更倾向于采取严厉的监管措施。
四、法律后果与建议
如果免于备案经营的医疗器械经营者收到了责令整改通知书，应当认真对待并积极配合整改工作。如果未按要求进行整改或整改不到位，可能会面临更严厉的处罚措施，如罚款、吊销许可证等。因此，建议经营者在经营过程中严格遵守相关法律法规和规章制度，确保经营行为的合法性和合规性。如果遇到相关法律问题或困惑，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见和建议。