政府将公租房的所有权转让给国有公司，这一行为在符合相关法律法规和政策规定的前提下，是合法的。以下从多个角度进行分析：
一、法律法规依据
公租房管理法规：
- 公租房作为政府为解决低收入家庭住房问题而提供的保障性住房，其所有权、管理权及转让等事宜通常受到《公共租赁住房管理办法》等相关法规的规范。
- 根据这些法规，政府有权对公租房进行统一管理，包括但不限于分配、使用、收回及转让等。在符合规定条件下，政府可以将公租房的所有权转让给符合条件的国有公司或其他主体。
国有资产管理法规：
- 国有公司作为国有资产的管理和运营主体，其接收政府转让的公租房所有权，需遵循《企业国有资产法》等相关法规。
- 这些法规要求国有资产的转让应当遵循公开、公平、公正的原则，确保国有资产的保值增值，并防止国有资产流失。
二、合法性条件
符合政策导向：
- 政府转让公租房所有权给国有公司，通常是为了更好地实现公租房的保障功能，提高管理效率，或进行资源整合等。这一行为应符合国家和地方关于公租房管理的政策导向。
履行法定程序：
- 政府在转让公租房所有权前，应依法履行评估、审批、公告等法定程序，确保转让行为的合法性和透明度。
- 国有公司在接收公租房所有权时，也应依法办理相关手续，如产权登记等。
保障承租人权益：
- 在公租房所有权转让过程中，应充分保障承租人的合法权益，如租赁合同的继续履行、租金标准的稳定等。
- 政府或国有公司应提前告知承租人转让事宜，并与其协商解决可能出现的租赁问题。
三、可能存在的风险及防范
国有资产流失风险：
- 为防止国有资产流失，政府在转让公租房所有权时，应确保转让价格合理，并依法进行资产评估和审计。
- 国有公司应建立健全内部管理制度，加强对公租房的资产管理，确保国有资产的保值增值。
承租人权益受损风险：
- 为防范承租人权益受损，政府或国有公司应在转让前与承租人进行充分沟通，明确转让后的租赁关系、租金标准等事项。
- 如因转让导致承租人权益受损的，承租人有权依法要求赔偿或采取其他法律措施维护自身权益。
总结与建议：
政府将公租房的所有权转让给国有公司，在符合相关法律法规和政策规定、履行法定程序、保障承租人权益的前提下，是合法的。然而，这一行为也涉及国有资产管理和承租人权益保护等复杂问题，因此建议政府在转让前进行充分评估和规划，确保转让行为的合法性和合理性。同时，国有公司在接收公租房所有权后，也应加强资产管理，确保国有资产的保值增值和承租人权益的保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。