结论：申请人一般不可以直接让法院查封被执行人合法妻子的店铺，但在特定情况下存在可能性，以下分情况说明：

1. 店铺属于被执行人个人财产时
   • 如果该店铺虽然登记在被执行人合法妻子名下，但实际是被执行人用个人财产出资购买，且能够提供充分的证据证明这一点，比如购买店铺的资金来源是被执行人婚前的个人存款，或者婚后有明确的约定该资金属于被执行人个人财产等。在这种情况下，法院有可能会认定该店铺属于被执行人的个人财产，从而根据申请人的申请进行查封。
   • 例如，被执行人在婚前就拥有足够的资金，婚后用这笔资金全款购买了店铺，并且有银行转账记录、购房合同等相关证据能够证明资金来源和购房事实，那么法院在审查核实后，可能会对该店铺采取查封措施。
2. 店铺属于被执行人夫妻共同财产时
   • 当店铺属于被执行人与其合法妻子的夫妻共同财产时，申请人不能直接要求法院查封整个店铺。不过，法院可以查封被执行人在夫妻共同财产中所享有的份额。
   • 比如，店铺是被执行人和其妻子在婚姻关系存续期间共同出资购买的，没有特别约定各自所占份额，那么一般视为各占50%份额。法院可以根据申请人的申请，查封被执行人所占的这50%份额对应的部分权益。但在实际操作中，由于店铺是一个整体，难以直接分割查封，通常会先对整个店铺进行查封，然后在后续的处理中，保障被执行人妻子对其所享有份额的合法权益。
3. 被执行人妻子能证明店铺为其个人财产时
   • 如果被执行人的合法妻子能够提供充分的证据证明该店铺是其个人财产，与被执行人无关，那么法院一般不会查封该店铺。
   • 例如，妻子在婚前就已经拥有该店铺，并且有完整的产权证明、购房合同等文件，能够清晰地证明店铺的归属。或者婚后双方有明确的书面约定，该店铺归妻子个人所有，且这种约定不违反法律法规的强制性规定和公序良俗，那么法院会尊重这种约定，不会对店铺进行查封。

建议：如果申请人认为被执行人妻子的店铺可能涉及上述可以被查封的情况，需要收集充分的证据来支持自己的主张，并向法院提出申请。法院会根据双方提供的证据和相关法律规定进行审查和判断，以决定是否采取查封措施。如果你还有其他关于执行方面的问题，可以直接向我咨询。