认定协议无效的诉讼时效问题，可以明确以下几点：
确认协议无效本身不受诉讼时效限制：
- 协议无效是自始、当然、确定无效的，其无效状态不会因时间的推移而改变。请求确认协议无效是形成权的行使，这种权利并不属于债权请求权，因此不受诉讼时效的限制。无论何时发现协议存在无效情形，当事人或利害关系人都有权向法院或仲裁机构主张确认该协议无效。
基于无效协议产生的请求权可能受诉讼时效约束：
- 虽然确认协议无效不受时效限制，但基于无效协议所产生的某些法律后果，如返还财产、赔偿损失等请求权，却可能受到诉讼时效的约束。根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条的规定，这些请求权的诉讼时效期间一般为三年，从权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。若在此期间内权利人未行使权利，且无诉讼时效中止、中断等法定事由，则可能丧失胜诉权。
涉及不动产物权的协议无效请求权通常不适用诉讼时效：
- 对于涉及不动产物权的协议无效请求权，由于其特殊性质，通常不适用诉讼时效的规定。这意味着，即使超过了一般诉讼时效期间，权利人仍有权主张该类协议无效。
法律建议与后果分析：
- 及时行使权利：尽管请求确认协议无效本身不受诉讼时效限制，但为了避免法律关系长期处于不确定状态，并考虑到法院在审理时会综合考虑多种因素（如当事人的过错程度、无效事由的性质和后果等），建议当事人在发现协议存在无效事由后，尽快采取相应的法律行动。
- 注意相关请求权的时效：如果基于无效协议产生了返还财产、赔偿损失等请求权，当事人应注意这些请求权的诉讼时效期间，及时行使权利，以免因超过诉讼时效而丧失胜诉权。
- 特殊情况的处理：对于涉及不动产物权的协议无效请求权，虽然通常不适用诉讼时效，但具体情况可能因案件性质和法院判断而有所不同。因此，在处理此类案件时，建议当事人咨询专业法律意见，以确保自身权益得到妥善维护。
举例说明：
假设甲乙双方签订了一份买卖合同，后因合同内容违反法律强制性规定而被确认无效。在此情况下，甲乙双方均有权随时向法院提起诉讼，请求确认合同无效。但如果因合同无效导致一方遭受了损失，并产生了赔偿损失的请求权，那么该请求权的诉讼时效期间为三年，从受损方知道或应当知道损失发生及赔偿义务人之日起计算。
综上所述，认定协议无效的诉讼时效问题需要根据具体情况进行具体分析。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。