核心结论：在执行过程中协商还本金结清，但债权人不出具协议时，您可以通过以下方式应对：

1. 保留协商证据：

   • 在与债权人协商的过程中，务必保留所有相关的沟通记录，包括但不限于短信、微信聊天记录、电子邮件、通话录音等。这些证据能够证明您与债权人之间确实存在协商还本金结清的意愿和事实，是后续维权的重要依据。

2. 书面确认协商内容：

   • 如果债权人不愿意出具正式的协议，您可以尝试以书面形式（如邮件、信函）向债权人确认协商的内容，包括还款金额、还款方式、还款时间以及结清后的债务处理等。要求债权人在收到后给予回复确认，即使债权人未明确回复，该书面确认也可作为您曾尝试确认协商内容的证据。

3. 通过执行法院协调：

   • 既然案件已经进入执行阶段，您可以向执行法院提出申请，说明您与债权人之间的协商情况，并请求法院协助协调债权人出具结清协议或确认结清事实。法院作为中立的第三方，其协调往往具有一定的权威性，有助于推动问题的解决。

4. 考虑法律途径：

   • 如果债权人坚持不出具协议，且您已经按照协商内容履行了还款义务，您可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。例如，您可以向法院提起确认之诉，请求法院确认您与债权人之间的债务已经结清。在诉讼过程中，您需要提供充分的证据来证明您的主张。

5. 注意风险防范：

   • 在整个过程中，您还需要注意风险防范。例如，在还款时，尽量通过银行转账等可追溯的方式支付，并保留好转账凭证；在与债权人沟通时，避免使用模糊或容易产生歧义的语言，确保沟通内容清晰明确。

额外建议：

• 在与债权人协商时，您可以主动提出由第三方（如律师、公证处）见证协商过程或出具见证意见，以增加协商内容的可信度和执行力。
• 如果债权人存在恶意不出具协议的行为，您还可以考虑向相关部门（如银保监会、消费者协会等）投诉或举报，以维护自己的合法权益。