在已有调解书的情况下，协议书仍然可以申请司法确认，但需注意调解书与调解协议在申请司法确认时的具体要求和条件。以下从多个角度为你详细分析：

一、调解书与调解协议的法律性质

1. 调解书：通常是在调解组织或法院主持下，双方当事人达成调解协议后，由调解组织或法院制作并送达双方当事人的书面文件。调解书一旦送达，即具有法律效力，双方当事人应当履行。
2. 调解协议：是双方当事人在调解过程中自行达成的协议，可能未经调解组织或法院的正式确认。调解协议在双方当事人签字、盖章或按指印后生效，但如果不经过司法确认，其执行力可能相对较弱。

二、已有调解书时协议书申请司法确认的情况

1. 调解书未涵盖所有争议事项：

   • 如果调解书仅解决了部分争议事项，而双方当事人又就其他事项达成了新的调解协议，那么这份新的调解协议是可以申请司法确认的。
   • 示例：甲乙双方因合同纠纷达成调解，调解书仅解决了货款支付问题，但未涉及违约金问题。之后，双方就违约金问题又达成了新的调解协议，这份新协议可以申请司法确认。

2. 调解书存在瑕疵或需要补充：

   • 如果调解书在制作或送达过程中存在瑕疵，或者双方当事人认为需要补充某些条款以更全面地解决争议，那么可以在达成补充协议后申请司法确认。
   • 示例：调解书在制作时遗漏了某些关键条款，导致双方对某些事项的理解存在分歧。为了明确双方的权利义务，双方可以达成补充协议并申请司法确认。

3. 双方当事人自愿申请：

   • 即使调解书已经涵盖了所有争议事项，如果双方当事人出于增强协议公信力、确保协议执行等考虑，仍然可以自愿就调解书中的内容或相关事项达成新的调解协议，并申请司法确认。

三、申请司法确认的具体流程和要求

1. 申请条件：

   • 双方当事人必须共同向法院提出司法确认申请，且意思表示真实自愿。
   • 申请需在调解协议生效之日起30日内提出（若已有调解书，则以新达成的调解协议生效之日起算）。
   • 申请确认的调解协议内容需属于人民法院受理民事案件的范围，并接受申请的人民法院管辖。

2. 申请材料：

   • 司法确认申请书，载明双方当事人的基本信息、调解协议的内容、请求司法确认的意思表示等。
   • 双方当事人的身份证明材料，如身份证、营业执照等。
   • 调解协议书原件（若已有调解书，则需提供调解书及新达成的调解协议书）。
   • 其他与调解协议相关的证据材料。

3. 申请流程：

   • 双方当事人携带上述申请材料，共同向有管辖权的人民法院提交司法确认申请。
   • 人民法院会对申请材料进行审查，符合受理条件的，会予以受理并通知双方当事人。
   • 人民法院会指派审判员对调解协议进行审查，必要时可能进行调查核实。
   • 人民法院应当自受理司法确认申请之日起十五日内作出是否确认的决定。因特殊情况需要延长的，经本院院长批准，可以延长十日。

4. 处理结果：

   • 如果调解协议符合确认条件，人民法院会裁定调解协议有效，并赋予其强制执行力。
   • 如果调解协议存在违法情形或不符合确认条件，人民法院会裁定驳回申请。

四、建议与注意事项

1. 在申请司法确认前，确保调解协议的内容明确、具体，且不违反法律、行政法规的强制性规定。
2. 双方当事人应充分了解司法确认的法律后果和执行力，确保自愿申请并履行相关义务。
3. 如果调解书已经具有法律效力，且双方当事人均愿意履行，那么在没有特殊需要的情况下，可能无需再就调解书中的内容申请司法确认。但如果出于增强协议公信力、确保协议执行等考虑，仍然可以申请。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。