如果被发现虚开发票，这确实是一个需要严肃对待的法律问题。以下是我为您整理的详细处理步骤和建议，希望能帮助您最大程度地降低法律风险和不利影响：
一、立即停止违法行为并配合调查
态度诚恳，及时响应：
- 一旦发现虚开发票行为或被税务机关、司法机关调查，应第一时间表明配合调查的诚意，不要隐瞒、销毁证据或逃避责任。
- 按照要求，及时提供与发票相关的各类资料，如合同、资金往来记录、业务凭证等，以证明交易的合法性和真实性。
核实发票情况：
- 如果认为被查出的虚开发票是误报或误判，应及时向税务机关提供相关证据进行申辩，如交易记录、物流信息等。
- 如确实存在虚开发票行为，应如实说明情况，包括虚开的原因、金额、份数等，并主动配合调查。
二、了解虚开发票的性质和后果
明确违法性质：
- 虚开发票可能涉及善意取得或故意参与两种性质。善意取得通常指不知情的情况下取得了虚开的发票，而故意参与则是明知故犯。
- 了解虚开发票的金额、份数等关键数据，这些因素将直接影响法律责任的承担。
知晓法律后果：
- 根据《中华人民共和国刑法》和《税收征收管理法》等法律法规，虚开发票可能面临行政处罚（如罚款、没收违法所得）或刑事处罚（如有期徒刑、拘役，并处罚金）。
- 具体处罚取决于虚开发票的金额、情节等因素。例如，虚开金额在1万元以下的，可并处5万元以下罚款；超过1万元的，并处5万元以上50万元以下罚款。情节严重的，还可能构成虚开发票罪，面临更严厉的刑事处罚。
三、寻求专业法律帮助
委托律师：
- 尽快聘请有经验的税务律师或刑事辩护律师，他们能够深入分析案件情况，制定合适的应对策略。
- 律师可以在调查、听证、诉讼等环节提供有效的法律支持和辩护，帮助您争取从轻或减轻处罚。
听取专业意见：
- 认真听取律师的建议，包括如何收集有利证据、如何应对调查询问等。
- 积极配合律师落实各项应对措施，如准备申辩材料、参与听证会等。
四、采取补救措施并加强内部管理
补救措施：
- 如果虚开发票行为导致了少缴税款，应主动向税务机关补缴相应税款和滞纳金，以显示您的诚意和合作态度。
- 对于已经虚开的发票，应尽快采取补救措施，如补开真实发票、更正错误发票等，并主动向税务机关报告补救措施的实施情况。
加强内部管理：
- 完善发票管理制度和流程，加强对发票开具、审核、保存等环节的管理，确保发票的合法性和真实性。
- 提高员工的法律意识和合规意识，加强培训和教育，防止类似问题再次发生。
五、接受处罚并持续改进
接受处罚：
- 依法接受税务机关的行政处罚，不要试图逃避或抗拒。
- 认真反思虚开发票行为的原因和教训，采取措施改正错误。
持续改进：
- 在处理过程中及处理后，持续咨询专业律师或税务师，以确保所有操作均符合法律法规要求。
- 定期对企业的财务管理和发票管理制度进行审查和改进，确保企业的合规运营。
总结与提醒：虚开发票是严重的违法行为，一旦被查，必须严肃、妥善处理。通过积极配合调查、了解违法性质和后果、寻求专业法律帮助、采取补救措施并加强内部管理，您可以最大程度地降低法律风险和不利影响。同时，也提醒广大企业和个人要严格遵守税法规定，确保发票的真实性和合法性，共同维护良好的税收秩序。