开发违法软件所得4万元，属于违法所得，依法应当予以没收，同时可能面临刑事处罚和行政处罚。具体处理方式如下：
违法所得的没收：
- 根据《中华人民共和国刑法》第六十四条的规定，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔。因此，开发违法软件所得的4万元，作为违法所得，应当被依法没收，上缴国库。
刑事处罚：
- 开发违法软件可能涉及多种犯罪行为，如非法经营罪、侵犯著作权罪、破坏计算机信息系统罪等，具体取决于软件的功能和用途。
- 如果构成犯罪，根据犯罪情节的严重程度，可能会面临有期徒刑、拘役、罚金等刑事处罚。例如，非法经营罪情节严重的，可能处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处违法所得一倍以上五倍以下罚金。
行政处罚：
- 即使不构成犯罪，开发违法软件也可能违反《中华人民共和国治安管理处罚法》或《中华人民共和国网络安全法》等相关法律法规，面临行政处罚。
- 行政处罚可能包括罚款、没收违法所得、责令停止违法行为、吊销许可证等。
其他后果：
- 开发违法软件还可能对个人声誉、职业发展等产生负面影响。
- 如果软件被用于实施其他犯罪行为，开发者还可能因共犯或帮助犯的身份而承担更重的法律责任。
建议：
- 如果你或他人已经开发了违法软件并获得了违法所得，应立即停止违法行为，并主动向相关部门投案自首，争取从轻或减轻处罚。
- 在未来的软件开发活动中，应严格遵守法律法规，确保软件的合法性和合规性，避免涉及任何违法犯罪行为。
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