结论：劳动仲裁的申请地点既可以选择在工作所在地（劳动合同履行地），也可以选择在公司注册地（用人单位所在地），但具体选择需结合当地规定及实际情况，以确保仲裁进程与结果的顺利。当双方当事人分别向两地申请时，由劳动合同履行地的劳动争议仲裁委员会管辖。
法律依据与详细解释
根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十一条的规定，劳动争议仲裁委员会负责管辖本区域内发生的劳动争议。劳动争议由劳动合同履行地或者用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会管辖。这一条款为劳动者提供了灵活的选择权，便于其根据自身情况选择合适的仲裁地点。
1. 劳动合同履行地
- 含义：指劳动者实际工作的地点，包括常规工作地点以及因工作需要临时变动的其他工作地点。
- 举例：若小明在A市某公司工作，后被派至B市分公司短期工作，期间发生劳动争议，则A市和B市均可视为劳动合同履行地，小明可选择其中一地申请仲裁。
- 优势：考虑到劳动者对实际工作地点的熟悉程度及相关证据的易获取性，劳动合同履行地往往成为劳动者的首选。
2. 用人单位所在地
- 含义：通常指用人单位的注册地址或主要办事机构所在地，即公司的法定注册地点或实际运营决策的核心地点。
- 举例：若某公司注册于C市，但实际运营总部设在D市，则D市视为用人单位所在地，员工可选择在此申请仲裁。
- 注意：部分地区如北京有特别规定，要求必须在注册地申请劳动仲裁，因此劳动者需关注并遵守当地的特殊规定。
特殊情况下的管辖规定
多个工作地的处理：
- 若劳动者在多地工作且无法明确主要工作地点，可向任一工作地仲裁委申请，但需证明该地存在实质性劳动关系（如考勤记录、工资发放凭证等）。
劳务派遣争议的管辖：
- 被派遣劳动者与派遣单位发生争议：向派遣单位所在地仲裁委申请。
- 与用工单位发生争议：向用工单位所在地或实际工作地点仲裁委申请。
关联企业混同用工的管辖：
- 当多家关联企业共同管理劳动者时，可向任意一家企业所在地或实际工作地仲裁委申请，需提供混同用工证据（如交叉指派任务、统一薪酬管理等）。
申请流程与注意事项
- 提交书面申请：劳动者需准备详细的书面仲裁申请，包括双方基本信息、仲裁请求、事实理由、证据及来源等。
- 审查与受理：劳动争议仲裁委员会收到申请后，将进行审查，并在规定时间内决定是否受理。
- 优先选择：当劳动者面临多地选择时，建议优先考虑劳动合同履行地，以利用地域优势提高维权效率。
- 了解当地规定：鉴于部分地区存在特殊规定，劳动者在申请前应充分了解并遵循当地的劳动仲裁申请要求。
总结
劳动仲裁的申请地点具有灵活性，劳动者可根据自身情况和实际需要，在劳动合同履行地或用人单位所在地中选择合适的仲裁地点。同时，应关注并遵守当地的特殊规定，确保仲裁申请的顺利进行。在申请过程中，准备充分的书面材料并了解相关流程也是至关重要的。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。