结论：正三轮载客摩托车被认定为机动车后，在交通事故中若被认定负同等责任，确实需要向同等责任的轿车进行赔偿。以下结合具体法律背景和案例进行详细分析：
法律背景
机动车定义与责任划分：
- 根据《中华人民共和国道路交通安全法》及相关规定，正三轮载客摩托车若符合机动车的技术标准（如设计时速、排量、整备质量等），则被认定为机动车。
- 在交通事故中，责任划分依据《道路交通事故处理程序规定》及地方性法规，通常根据事故双方的过错程度来确定责任比例。同等责任意味着双方对事故的发生负有相同的过错程度。
赔偿原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》侵权责任编的相关规定，因交通事故造成损害的，侵权人应当承担赔偿责任。在同等责任的情况下，双方应按照各自的责任比例分担损失。
- 赔偿范围通常包括医疗费、误工费、护理费、交通费、住宿费、住院伙食补助费、必要的营养费，以及因伤致残或死亡的赔偿金等。
案例分析
案例概述：
假设某起交通事故中，一辆正三轮载客摩托车与一辆轿车发生碰撞，经交警部门认定，双方负同等责任。事故导致摩托车驾驶员受伤，轿车也有一定程度的损坏。
赔偿情况：
摩托车驾驶员的损失：
- 摩托车驾驶员因事故受伤，产生的医疗费、误工费等损失，有权要求轿车方按照同等责任的比例（即50%）进行赔偿。
轿车方的损失：
- 轿车因事故造成的损坏，如维修费用等，也有权要求摩托车方按照同等责任的比例（即50%）进行赔偿。
实际赔偿操作：
- 在实际操作中，双方可能会通过保险公司进行理赔。摩托车方和轿车方各自向自己的保险公司报案，并提供相关证据材料。
- 保险公司会根据事故责任认定书、保险合同条款以及相关法律法规，对双方的损失进行核定，并按照责任比例进行赔付。
法律建议
保留证据：
- 在发生交通事故后，双方应立即报警并保护现场，同时收集相关证据材料，如事故现场照片、视频、证人证言等。
及时报案：
- 双方应及时向各自的保险公司报案，并按照保险公司的要求提供相关证据材料，以便保险公司及时进行理赔。
协商或诉讼：
- 如果双方对赔偿金额或责任比例有争议，可以通过协商解决；协商不成的，可以向人民法院提起诉讼，由法院根据事实和法律进行裁决。
总结：正三轮载客摩托车被认定为机动车后，在交通事故中若被认定负同等责任，确实需要向同等责任的轿车进行赔偿。双方应按照各自的责任比例分担损失，并通过保险公司或法律途径进行理赔。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。