若强制执行中调查到对方夫妻共有店铺，可按以下方式处理：

1. 确认共有性质与份额
   首先需明确该店铺是否属于夫妻共同财产。根据《民法典》第1062条，婚姻关系存续期间取得的财产一般推定为共同共有，但若能证明店铺为个人财产（如婚前财产、约定归一方所有等），则需排除执行。若为共同共有，需进一步确认双方份额（如各占50%），执行时通常仅能对被执行人名下份额采取措施。

2. 申请查封与拍卖
   若店铺确属共同财产，可向法院申请查封整个店铺，但需注意：

   • 查封程序：需提交执行申请书、生效法律文书及财产线索，法院审查后会作出裁定并送达协助执行通知书（如至市场监管部门办理查封登记）。
     
   • 拍卖限制：因涉及共有权人利益，法院可能要求先分割财产再执行。若无法分割（如店铺经营需整体处置），可申请拍卖整个店铺，但需保留共有权人（配偶）的优先购买权，且拍卖款需按份额分配。

3. 配偶提出异议的应对
   若配偶主张店铺为其个人财产或对执行份额有异议，可能通过以下方式阻却执行：

   • 执行异议之诉：配偶可在知道执行后15日内向法院提出书面异议，法院审查后裁定中止或驳回。若裁定驳回，配偶可提起执行异议之诉，通过诉讼确认财产归属及份额。
     
   • 案外人异议：若配偶认为执行标的错误（如店铺实际为其所有），可依据《民事诉讼法》第234条提出案外人异议，法院将审查并作出裁定。

4. 执行中的注意事项

   • 保留必要生活费用：若店铺为被执行人及其配偶唯一生活来源，法院可能酌情保留部分经营收益或调整执行方式。
     
   • 协商分割或和解：可与被执行人及其配偶协商，通过分割财产、以物抵债或分期履行等方式达成和解，避免长期执行纠纷。
     
   • 调查其他财产：若店铺执行难度较大，可同步调查被执行人其他财产（如银行账户、车辆、房产等），提高执行效率。

建议：强制执行共有财产需兼顾法律程序与共有权人权益，操作复杂且风险较高。若涉及大额财产或复杂权属争议，建议委托律师协助处理，确保执行程序合法合规，最大限度维护自身权益。如有进一步问题，可直接向我咨询。