在铁路保护区内违法施工的处罚，主要依据违法行为的性质、情节及造成的后果，可能涉及行政处罚、民事赔偿甚至刑事责任，具体如下：

1. 行政处罚
   根据《铁路安全管理条例》第五十一条、第八十九条，在铁路线路安全保护区内进行禁止性行为（如烧荒、放养牲畜、取土挖沙、建造建筑物等）或未经批准施工的，由铁路监督管理机构责令改正，对单位处5万元以上20万元以下罚款，对个人处1千元以上5千元以下罚款。若违法行为影响铁路运输安全，处罚力度可能加重。

2. 民事赔偿
   若违法施工导致铁路设施损坏、列车延误或人身财产损失，施工方需承担民事赔偿责任。例如，因施工造成铁路路基塌陷导致列车脱轨，施工方需赔偿铁路部门修复费用及乘客损失。

3. 刑事责任
   若违法施工行为构成犯罪（如破坏交通设施罪），依法追究刑事责任。根据《刑法》第一百一十七条，破坏轨道、桥梁等交通设施，足以使火车发生倾覆、毁坏危险的，处三年以上十年以下有期徒刑；造成严重后果的，处十年以上有期徒刑、无期徒刑或死刑。

补充说明：

• 铁路保护区范围通常为铁路线路两侧各一定距离（如8米至20米，具体依线路等级和地区规定），施工前需向铁路部门申请许可。
  
• 若对处罚决定不服，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。
  

建议：若涉及铁路保护区施工，务必提前确认范围并办理审批手续，避免法律风险。如有具体案件或细节需进一步分析，可直接向我咨询。