危险作业罪涉案车辆的处理需根据具体情形确定，通常包括以下两种处理方式：

1. 作为证据扣押或查封
   若车辆是实施危险作业行为的直接工具（如非法运输危险物质的车辆），公安机关会依据《刑事诉讼法》第141条，将其作为证据予以扣押或查封。此时车辆会被暂时保管在指定场所，待案件审理结束后，根据法院判决结果进一步处理。

   • 若车辆与犯罪行为直接相关（如改装后专门用于非法运输易燃易爆品），可能被依法没收，上缴国库；
     
   • 若车辆仅作为普通工具被临时使用（如普通货车被临时用于运输少量危险品），可能返还给车主，但需配合调查并接受行政处罚（如罚款、吊销运输资质等）。

2. 行政强制措施与后续处理
   若车辆未直接涉及犯罪，但存在安全隐患（如未按规定配备安全设备、超载运输危险品），行政机关（如应急管理局、交通运输局）可能依据《安全生产法》《危险化学品安全管理条例》等法规，采取查封、扣押等行政强制措施，并责令整改。整改完成后，车辆可恢复使用；若拒不整改或存在重大隐患，车辆可能被强制报废或长期扣押。

补充说明：

• 车主权利保障：若车辆被扣押，车主有权要求公安机关出具扣押清单，并在案件审理期间申请解除扣押（如提供等值财产担保）；
  
• 法律程序衔接：刑事案件审理结束后，车辆处理需与行政处罚程序衔接。例如，若法院判决没收车辆，行政机关需依据判决执行；若未判决没收，行政机关需根据调查结果决定是否追加行政处罚；
  
• 特殊情形处理：若车辆属于第三方所有（如租赁车辆），需结合租赁合同、车主过错程度等因素，由司法机关或行政机关综合判定责任承担方式。

建议：若您或您的车辆涉及此类案件，建议尽快委托律师介入，通过查阅案卷、与办案机关沟通等方式，明确车辆性质（是否属犯罪工具）、评估处理风险，并制定针对性应对策略（如申请返还、提出异议等）。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。