公交车闯红灯，扣的是当时驾驶公交车的驾驶员的分。具体分析如下：

1. 扣分原则：

   • 现场执法：若交警在现场对公交车闯红灯行为进行执法，并明确指出驾驶人身份，会直接扣当时实际驾驶公交车的驾驶员的分。例如，交警拦下闯红灯的公交车后，通过检查驾驶证等方式确认驾驶人身份，随即在其驾驶证上进行扣分处理。
   • 电子眼抓拍：若公交车闯红灯行为被电子眼抓拍，由于无法直接确定当时的驾驶人，因此通常是谁去处理该违章就扣谁的分。公交车公司或实际驾驶人可以携带相关证件（如驾驶证、身份证、车辆行驶证等）前往交警部门处理违章，扣分将计入前来处理违章的人的驾驶证上。但在此情况下，由于公交车是营运车辆，且驾驶员有明确的驾驶职责，因此通常还是会追溯到实际驾驶的驾驶员进行扣分。

2. 扣分标准：

   • 根据《道路交通安全违法行为记分管理办法》和《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，驾驶机动车违反道路交通信号灯通行（即闯红灯）的，一次记6分，并处警告或者二十元以上二百元以下罚款。这一标准同样适用于公交车驾驶员。

3. 特殊情况说明：

   • 如果公交车驾驶员在行车过程中没来得及刹车，导致车身全部越过停止线，但之后没有再继续移动，这种情况虽然不算闯红灯，但仍属于越线停车。按照相关规定，一次也会扣2分。

法律建议：

• 公交车驾驶员应严格遵守交通信号灯指示，确保行车安全，避免不必要的扣分、罚款以及可能引发的交通事故。
• 公交车公司应加强对驾驶员的交通安全教育，提高驾驶员的交通安全意识，减少闯红灯等违法行为的发生。
• 若因特殊情况导致越线停车等行为，驾驶员应提高警惕，及时采取措施避免触犯相关法律条款。

可能法律后果：

• 若公交车驾驶员闯红灯被扣分并罚款，不仅会影响其个人驾驶证的记分情况，还可能影响其职业声誉和就业机会。
• 若因闯红灯导致交通事故发生，驾驶员还可能承担相应的民事赔偿责任和刑事责任。

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