结论：公司在作为第三方被告的情况下，并非绝对不能注销，但注销过程需严格遵循法定程序，并妥善处理所有未了结的诉讼及债务，否则将面临严重的法律责任和后果。以下是对此问题的详细分析：
一、可以注销的情况
特殊情况下的注销：
- 如果公司能够与原告达成和解协议，解决了诉讼纠纷，并且得到了法院的准许，那么公司可以按照法定程序进行注销。
- 公司在民事诉讼过程中，并不影响其依法进行注销登记的权利，但前提是必须按照正常的公司注销流程进行，包括清算、公告等程序，且确保所有债务得到清偿。
清算与公告：
- 根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，公司应在解散事由出现后十五日内成立清算组，开始清算工作，包括清理财产、编制资产负债表和财产清单、通知并公告债权人等。
- 清算组应自成立之日起十日内通知债权人，并在六十日内进行公告，以确保所有债权人的权益得到保障。在清算过程中，必须妥善处理所有未了结的诉讼及债务。
注销登记：
- 在完成清算程序并清偿公司债务后，公司可以向公司登记机关申请注销登记。注销登记完成后，公司法人资格终止。
二、注销后的法律后果及责任承担
民事责任承担：
- 公司注销后，其法人资格终止，一般情况下不再承担民事责任。但若存在股东、实际控制人等未依法履行清算义务导致公司财产流失、无法清偿债务等问题，相关责任人需承担相应的民事赔偿责任。
- 根据相关法律规定，如有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东，以及公司的实际控制人在公司解散后恶意处置公司财产给债权人造成损失，或未经依法清算以虚假的清算报告骗取公司登记机关办理法人注销登记，需对公司债务承担相应赔偿责任。
对诉讼程序的影响：
- 如果公司在诉讼过程中注销且已合法清算并注销，法院可能会裁定终结诉讼。但若公司存在未依法清算等问题，法院可能会根据原告的申请变更股东、实际控制人等相关责任人为被告，继续审理案件。
恶意注销的法律风险：
- 若公司在被告期间恶意注销以逃避法律责任，相关责任人可能会面临法律追究，如被列为失信被执行人等严重后果。
三、实际操作建议
- 谨慎评估：公司在作为被告时决定注销应极其谨慎，确保注销行为的合法性和合规性。在注销前，公司应充分评估诉讼纠纷的解决情况、清算工作的进展以及债务清偿能力等因素。
- 严格遵循法定程序：公司应按照《中华人民共和国公司法》等相关法律法规的规定，成立清算组、进行清算、公告债权人、清偿债务，并在完成所有法定程序后申请注销登记。
- 保留相关证据：在注销过程中，公司应保留所有与清算、债务清偿、诉讼解决等相关的证据和文件，以备不时之需。
总结：公司在作为第三方被告的情况下注销需谨慎操作，并严格遵守相关法律法规和程序规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。