结论前置：房屋遭到强拆后，是否可以协议赔偿需根据具体情况判断。若强拆行为违法或虽合法但补偿不合理，被拆迁人有权要求赔偿，并可通过协议方式确定赔偿细节；若房屋为违章建筑或超期临时建筑，则通常不能申请赔偿。
一、可以协议赔偿的情况
违法强拆：
- 法律依据：根据《中华人民共和国国家赔偿法》，行政机关及其工作人员违法行使职权导致财产损害的，受害人有权获得赔偿。在此情况下，被拆迁人不仅可以要求赔偿，还可以与赔偿义务机关（通常是实施强拆的行政机关）通过协商达成赔偿协议。
- 赔偿范围：包括房屋价值损失（按市场评估价确定）、屋内物品损失（依证据赔偿）、因强拆造成的其他直接损失（如租房费用、营业损失等）。这些赔偿项目均可以在协议中明确。
合法强拆但补偿不合理：
- 即使强拆行为合法，若补偿未依法给予或不合理，被拆迁人仍可要求合理补偿。在此情况下，被拆迁人同样可以与征收部门或相关行政机关通过协商达成补偿协议，以明确补偿的具体内容和方式。
- 法律依据：《国有土地上房屋征收与补偿条例》规定，应先补偿、后搬迁，未依法补偿不得强迁。这为被拆迁人要求合理补偿提供了法律保障。
二、不能协议赔偿的情况
- 违章建筑或超期临时建筑：此类房屋被拆除通常不享受赔偿，因其本身不具有合法性。因此，被拆迁人无法与赔偿义务机关就此类房屋的拆除达成赔偿协议。
三、协议赔偿的流程与注意事项
提出赔偿/补偿请求：
- 被拆迁人应向赔偿义务机关或征收部门提交书面请求，明确赔偿/补偿的请求及理由。这是启动协商程序的第一步。
协商与达成协议：
- 双方应就赔偿/补偿的具体内容、方式、时间等进行充分协商，并努力达成一致意见。协商过程中，被拆迁人应充分表达自己的诉求，并听取对方的意见。
- 达成协议后，双方应签订书面协议，明确各自的权利和义务。协议应具有法律效力，双方均应严格履行。
注意事项：
- 保留证据：被拆迁人应妥善保管所有与强拆相关的证据，如房屋产权证明、强拆现场照片/视频、财产损失清单等。这些证据在协商过程中可能起到关键作用。
- 了解法律程序：在协商过程中，被拆迁人应了解相关的法律程序和规定，以确保自己的权益得到充分保护。例如，了解赔偿/补偿的法定标准、协商的期限等。
- 寻求法律支持：如果协商过程中遇到困难或争议，被拆迁人可以寻求法律支持，如咨询专业律师或申请行政复议等。
四、重要的法律依据
- 《中华人民共和国国家赔偿法》：明确了国家赔偿的原则、范围和程序，为被拆迁人要求违法强拆赔偿提供了法律保障。
- 《国有土地上房屋征收与补偿条例》：规定了房屋征收的补偿原则、标准和程序，为被拆迁人要求合理补偿提供了法律依据。
综上所述，房屋强拆后能否协议赔偿取决于强拆行为的合法性和房屋的合法性。被拆迁人应根据自身情况，遵循相关法律程序，积极维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律支持，请直接向我咨询。