结论：在撤三同时申请注册了该商标，国家商标局发注册证书后，投入使用是否合法，需分情况讨论，若商标注册成功且不存在其他权利冲突，投入使用是合法的；若商标注册过程中存在瑕疵或后续被宣告无效，则投入使用可能不合法。以下是对此问题的详细分析：

一、商标注册成功且不存在权利冲突的情况

1. 商标注册证书的法律效力：

   • 当国家商标局颁发注册证书时，意味着该商标已经通过了审查，被认定为符合商标法的规定，并获得了注册。此时，商标权人享有对该商标的专用权，包括使用权、许可使用权和转让权等。

2. 投入使用的合法性：

   • 在商标注册成功且不存在其他权利冲突（如他人已注册的相同或近似商标、在先使用的未注册商标等）的情况下，商标权人投入使用该商标是合法的。商标权人可以依法在其商品或服务上使用该商标，并享受商标法提供的保护。

二、商标注册过程中存在瑕疵或后续被宣告无效的情况

1. 商标注册过程中的瑕疵：

   • 如果在商标注册过程中存在瑕疵，如提交的材料不真实、不完整或存在误导性信息，或者商标本身不符合商标法的规定（如缺乏显著性、违反公序良俗等），则该商标可能面临被撤销的风险。

2. 商标被宣告无效的法律后果：

   • 如果商标被宣告无效，则自宣告无效之日起，该商标视为自始不存在。这意味着商标权人从未获得过对该商标的专用权，因此其投入使用该商标的行为可能构成侵权。

3. 投入使用的非法性：

   • 在商标被宣告无效的情况下，商标权人继续投入使用该商标是违法的。因为此时商标权已经不存在，商标权人不再享有对该商标的专用权。如果继续使用，可能面临被他人起诉侵权的风险，并需要承担相应的法律责任。

三、建议与注意事项

1. 确保商标注册的合法性：

   • 在申请商标注册时，应确保提交的材料真实、完整且符合商标法的规定。避免提交虚假信息或误导性信息，以免导致商标注册失败或面临被撤销的风险。

2. 关注商标的后续状态：

   • 即使商标已经注册成功，也应持续关注其后续状态。如发现存在可能影响商标有效性的因素（如他人提出异议、撤销申请等），应及时采取措施进行应对。

3. 合法使用商标：

   • 在获得商标注册证书后，应依法使用商标。避免在商品或服务上使用与注册商标不符的标识或进行其他可能损害商标权的行为。

4. 及时咨询专业律师：

   • 如果在商标注册或使用过程中遇到任何问题或疑虑，建议及时咨询专业律师以获取准确的法律意见和帮助。

总结来说，在撤三同时申请注册了该商标并获得国家商标局颁发的注册证书后，投入使用是否合法取决于商标注册的成功与否以及是否存在其他权利冲突。为确保合法使用商标并避免潜在的法律风险，建议商标权人密切关注商标的后续状态并依法使用商标。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。