结论：集体土地征收房屋被司法强拆后，土地证是否合法有效需分情况讨论，主要取决于土地征收的合法性及土地证本身的效力状态。以下从不同角度进行详细分析：
一、土地征收合法且程序完备的情况
土地征收合法性：若集体土地征收行为完全符合法律法规规定，包括但不限于征收目的合法、征收程序完备（如发布征收公告、进行土地现状调查、组织听证、签订补偿安置协议等）、补偿到位等，则该征收行为具有法律效力。
土地证效力：在土地征收合法且程序完备的前提下，房屋被司法强拆通常意味着征收方已依法获得强制执行权，并按照法定程序实施了强拆。此时，原土地证所对应的土地使用权已因征收而消灭，土地证本身在法律上不再具有效力。但需注意，土地证的注销或变更登记需依法进行，若未及时办理，土地证在形式上可能仍存在，但实质上已无效。
二、土地征收存在违法或程序瑕疵的情况
土地征收违法性：若集体土地征收行为存在违法情形，如征收目的不合法、未依法发布征收公告、未进行土地现状调查、未组织听证、补偿不到位等，则该征收行为可能被认定为违法。
土地证效力：在土地征收违法或程序存在瑕疵的情况下，房屋被司法强拆可能涉及违法强拆。此时，原土地证所对应的土地使用权可能并未因征收而合法消灭。若土地证未被依法注销或变更登记，且土地使用权未通过合法途径转移给他人，则土地证在法律上可能仍具有效力。但需注意，这种情况下土地证的有效性可能受到挑战，需通过法律途径确认其效力。
三、特殊情况下的土地证效力
土地证注销或变更登记：无论土地征收是否合法，若土地证已依法办理注销或变更登记手续，则土地证在法律上不再具有效力。此时，即使房屋被司法强拆，土地证的有效性也不再是争议焦点。
土地证遗失或损毁：若土地证遗失或损毁，且未及时补办或换发新证，则原土地证在形式上可能不再存在。但土地使用权的效力并不因此消灭，需通过其他方式（如土地登记簿）确认土地使用权的归属和状态。
四、法律建议
核实土地征收合法性：若您的房屋因集体土地征收被司法强拆，首先应核实土地征收的合法性及程序完备性。若发现征收行为存在违法或程序瑕疵，可依法提起行政复议或行政诉讼，维护自身合法权益。
关注土地证状态：及时关注土地证的注销或变更登记情况。若土地证未被依法注销或变更登记，且您认为土地使用权仍属于您所有，可依法向相关部门申请确认土地使用权的归属和状态。
寻求法律帮助：在处理此类复杂法律问题时，建议您寻求专业律师的帮助。律师可以根据您的具体情况，提供针对性的法律建议和解决方案，帮助您更好地维护自身权益。
总结：集体土地征收房屋被司法强拆后，土地证是否合法有效需根据土地征收的合法性及土地证本身的效力状态进行综合判断。在处理此类问题时，建议您及时核实相关信息并寻求法律帮助，以确保自身权益得到妥善维护。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。