在土地侵权案件处于二审中院阶段时，处理方式会综合考量案件事实、法律适用及程序合规性等多方面因素，具体如下：

1. 全面审查一审判决
   二审法院会首先对一审判决进行全面审查，包括事实认定是否清楚、法律适用是否正确、程序是否合法。若一审认定事实不清或证据不足，二审可能直接改判或发回重审；若事实清楚但法律适用错误，二审会依法纠正并改判。例如，若一审未查清土地权属争议的核心证据（如土地证、承包合同），二审可能要求补充调查或直接认定关键事实。

2. 重点审查争议焦点
   二审法院会聚焦双方争议的核心问题，如侵权行为是否成立、赔偿金额计算是否合理、是否存在免责事由等。例如，若侵权方主张“已获土地使用权人许可”，二审会重点审查许可协议的真实性、合法性及是否覆盖争议行为。

3. 调解优先原则
   根据《民事诉讼法》规定，二审法院在开庭前或审理中可组织调解。若双方达成调解协议，法院会制作调解书并终结诉讼；调解不成的，则及时判决。调解的优势在于高效化解矛盾，避免进一步激化双方关系。

4. 程序合法性审查
   二审法院会严格审查一审程序是否合法，如是否依法送达诉讼文书、是否给予当事人充分举证期限、是否违反回避制度等。若程序违法，即使实体判决正确，二审也可能撤销原判发回重审。

5. 新证据的采纳规则
   根据《民事诉讼法》及相关司法解释，二审中原则上不允许提交新证据，但若新证据与案件基本事实有关且因客观原因无法在一审提交（如新发现的证据、一审后发生的侵权事实），二审可能予以采纳并影响判决结果。

建议：

• 若您是上诉人，需在上诉状中明确指出一审判决的具体错误（如事实认定、法律适用、程序问题），并附上新证据（如有）；
  
• 若您是被上诉人，需针对上诉理由准备答辩意见，重点反驳对方主张并强化一审判决的合理性；
  
• 无论哪方，均需积极配合法院调查，确保关键证据（如土地权属证明、侵权行为照片、损失评估报告等）完整、合法。
  

二审是终审判决，结果具有法律效力，建议高度重视并委托专业律师协助处理。如有具体案件细节，可进一步向我咨询。