结论：公司出具谅解书后，若司法机关介入调查，公司是否仍需承担责任，这取决于多个因素，包括谅解书的内容、公司行为是否构成违法或犯罪、以及司法机关的调查结果等。以下是对此问题的详细分析：
一、谅解书的作用与性质
谅解书通常是受害方或相关方对公司行为的一种谅解表示，它可能涉及对公司过失、疏忽或违法行为的宽容。然而，谅解书本身并不具有法律上的免责效力，它不能替代法律判决或行政处罚。谅解书更多地是在民事赔偿、和解等场合中发挥作用，表明受害方愿意放弃部分或全部民事赔偿请求，或者对公司表示谅解，但这并不意味着公司可以因此免除法律责任。
二、公司可能承担的责任类型
民事责任：如果公司的行为造成了他人损害，根据《民法典》等相关法律规定，公司可能需要承担民事赔偿责任。谅解书可能在一定程度上影响民事赔偿的数额或方式，但并不能完全免除公司的民事责任。
行政责任：如果公司的行为违反了行政法规，如环保、税务、工商等方面的规定，公司可能需要承担行政处罚，如罚款、吊销执照等。谅解书对行政责任的承担没有直接影响。
刑事责任：如果公司的行为构成犯罪，如诈骗、贪污、污染环境等，公司及其相关责任人可能需要承担刑事责任。谅解书在刑事案件中可能作为量刑情节之一，但并不能免除刑事责任。
三、司法机关调查的影响
司法机关的调查是独立、客观的，它不受谅解书的影响。司法机关会根据调查结果，依据相关法律规定，对公司是否构成违法或犯罪、应承担何种责任等作出判断。因此，即使公司出具了谅解书，如果司法机关的调查结果显示公司存在违法行为或犯罪行为，公司仍需承担相应的法律责任。
四、建议与措施
合规经营：公司应严格遵守国家法律法规，确保经营活动的合法性和合规性，从源头上避免法律风险。
积极配合调查：如果司法机关介入调查，公司应积极配合，提供真实、完整的证据和信息，以便司法机关作出公正、准确的判断。
寻求专业法律帮助：在面对司法调查或法律纠纷时，公司应及时寻求专业律师的帮助，了解自身权利和义务，制定合理的应对策略。
进一步思考：谅解书虽然不能直接免除公司的法律责任，但在某些情况下，它可能作为量刑情节或民事赔偿协商的参考因素。因此，公司在出具谅解书时，应谨慎考虑其内容和影响，并在必要时咨询专业律师的意见。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。