当公路两边的果树上的果子被污染时，这确实是一个涉及环境保护和侵权赔偿的复杂问题。以下是我为您整理的详细解答步骤，希望能帮助您更好地理解和处理这一问题：
一、固定证据
现场记录：首先，您需要立即对污染现场进行详细的拍照和录像，记录果树的生长状况、污染的具体表现（比如树叶变色、枯萎，果实表面有污染物等）、污染的范围，以及果树与公路或修路工程的具体位置关系。这些照片和录像需要清晰标注拍摄的时间和地点，以便后续作为证据使用。
收集污染源证据：尝试收集可能导致污染的修路材料、扬尘、废水排放等证据。如果可能的话，获取相关的监测数据，如空气质量、土壤污染检测报告等。如果发现修路工程方有违规排放行为，务必拍摄视频或收集实物证据。
评估损失：邀请农业技术专家或专业的评估机构对果树的损失进行评估，包括受损程度、产量减少、果实质量下降等，并出具书面报告。同时，保存好果树种植、管理相关的费用凭证，以便后续计算赔偿金额。
二、与修路工程方协商
主动沟通：及时以书面形式或面对面方式联系修路工程方，详细说明污染情况，并出示您收集的证据。提出合理的赔偿要求，包括当前损失和未来可能因污染导致的预期损失。
协商赔偿：在协商过程中，明确您的赔偿要求，并要求对方采取措施消除污染，恢复果树的生长环境。如果协商一致，务必签订书面协议，确保赔偿能够得到有效落实。
三、向相关部门投诉举报
环保部门：您可以拨打12369环保举报热线或向当地环保局投诉，请求他们查处污染行为。在投诉时，详细说明事件经过，并提供您收集的证据。
其他政府部门：如果修路工程涉及政府项目，您还可以向交通运输、农业等部门反映情况，寻求政府的介入和调解。
四、寻求法律途径
法律咨询：如果协商和投诉举报无果，您可以咨询专业律师，了解自身的权益和可能的法律途径。律师可以为您提供法律意见，指导您如何有效维权。
发送律师函：在律师的指导下，您可以委托律师发送律师函给修路工程方，明确告知其违法性质及法律后果，要求其限期答复并解决问题。
提起诉讼：如果律师函无效，您可以向法院提起民事诉讼，要求修路工程方承担侵权责任，赔偿您的损失。在诉讼过程中，您需要提供充分的证据来支持您的诉求。法院将依法审理并作出公正判决。
五、申请赔偿与补偿
根据农业技术人员或评估机构的评估结果，您可以确定具体的赔偿标准。然后向修路工程方提出补偿申请，要求其按照法律法规和政策进行赔偿。赔偿应包括果树生长受阻、产量减少、品质下降等实际损失。
六、预防与治理
在等待赔偿的同时，您也可以采取一些预防措施来减轻污染对果树的影响。比如在果树周围设置防风林带、覆盖物等来减轻污染物的影响；选择合适的肥料来增强果树的抗污染能力和自洁能力；推广生物防治技术来减少农药使用，降低果园的环境污染。
综上所述，面对公路两边果树上的果子被污染的问题，您应积极采取行动固定证据、协商沟通、投诉举报、寻求法律途径并申请赔偿与补偿。同时，采取预防措施减轻污染影响，确保您的权益得到充分保护。希望这些建议能对您有所帮助！