核心结论：公司钱打到法院但案件已终本，可通过申请恢复执行、与对方协商或提出执行异议等方式解决，具体需结合案件情况选择合适途径。以下是详细分析：

1. 案件终本的含义与影响

• 终本定义：案件终本即“终结本次执行程序”，指法院在穷尽调查手段后，未发现被执行人有可供执行的财产，或财产暂无法处置，从而暂时终结执行程序。但终本不等于案件彻底结束，若发现新财产线索，可随时恢复执行。
• 对公司的直接影响：若公司作为申请执行人，终本意味着当前无法通过法院强制执行拿到钱；若公司作为被执行人，终本后若未履行义务，仍可能被列入失信名单、限制高消费等，且后续若发现新财产仍会被执行。

2. 钱已打到法院但案件终本的处理方式

• 情况一：公司是申请执行人（打钱给法院用于履行义务）
  • 若钱是履行款：需确认法院是否已将款项划转给对方。若已划转，可联系法院执行局核实划转情况，并要求出具相关凭证；若未划转，可能是案件终本后执行程序暂停，需申请恢复执行以推动款项分配。
  • 若钱是担保款或保证金：需查看与法院的协议或裁定，明确款项性质及返还条件。若符合返还条件，可向法院提交书面申请，要求退还款项。
• 情况二：公司是被执行人（钱被法院扣划）
  • 若钱是执行款：案件终本后，若公司已履行全部义务，可要求法院出具结案证明，并解除对公司财产的限制措施（如解冻账户、解除查封等）。
  • 若钱被错误扣划：可向法院提出执行异议，要求返还错误扣划的款项，并提交相关证据（如公司财产不属于被执行财产的证明、款项用途证明等）。

3. 具体操作步骤

• 申请恢复执行：若公司是申请执行人，且发现被执行人有新财产（如银行账户新进账、房产未处置等），可向法院提交《恢复执行申请书》及财产线索，要求恢复执行并划转款项。
• 与对方协商：若双方有和解意愿，可签订《执行和解协议》，明确还款计划或款项处理方式，并提交法院备案。和解后，可申请法院暂缓执行或终结执行。
• 提出执行异议：若认为法院执行行为违法（如错误扣划、超标的查封等），可在收到执行通知书之日起10日内向法院提出书面异议，要求纠正执行行为。

4. 注意事项

• 时效性：恢复执行申请需在终本后5年内提出（部分地区可能更长），逾期可能丧失权利。
• 证据收集：无论是申请恢复执行还是提出异议，均需提供充分证据（如财产线索、错误执行证明等），否则可能被法院驳回。
• 专业协助：若案件复杂或涉及大额资金，建议委托律师协助处理，以确保程序合法、权益最大化。

总结：案件终本后，公司需根据自身角色（申请执行人或被执行人）及款项性质，选择申请恢复执行、协商和解或提出异议等途径解决。若涉及复杂情况，可直接向我咨询，我会结合具体案情提供详细方案。