发货员工发少一件货物的赔偿问题，需根据具体情况确定赔偿主体与赔偿方式，具体如下：

1. 若员工因故意或重大过失导致少发货
   根据《民法典》第1165条，行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。若员工存在故意少发（如私自截留货物）或重大过失（如严重疏忽导致漏发），用人单位可依据内部规章制度或劳动合同约定，要求员工承担赔偿责任。赔偿范围通常为实际损失（如货物成本、补发运费等），但不得超过员工当月工资的20%（根据《工资支付暂行规定》第16条，若扣除后剩余工资低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付）。

2. 若员工因一般过失导致少发货
   若员工仅存在一般过失（如操作疏忽但无主观恶意），用人单位通常需自行承担经营风险，无权直接要求员工赔偿。但若用人单位能证明员工行为违反操作规程且造成重大损失，可依据内部制度追究部分责任，但需符合“合理性”原则（如赔偿比例、金额需与过错程度匹配）。

3. 若因第三方原因导致少发货（如物流公司责任）
   若少发货系物流公司过错（如运输途中丢失），则应由物流公司承担赔偿责任。用人单位可依据运输合同向物流公司索赔，员工无需承担责任。

实务建议：

• 用人单位应完善发货流程监控（如双人核对、系统记录），明确员工职责与过错认定标准；
  
• 发生少发货后，及时固定证据（如发货单、签收记录、沟通记录），区分责任主体；
  
• 若需员工赔偿，应通过书面协议明确赔偿方式与金额，避免纠纷。
  

若涉及具体赔偿金额计算或内部制度合法性审查，可进一步提供细节，我将结合证据材料分析责任比例与赔偿范围。