合作双方使用商品编码本身并不违法，但具体是否违法需结合使用目的、方式及后果综合判断。以下从不同角度进行分析：

1. 商品编码的合法使用场景

   • 商品编码（如HS编码、商品条码等）是国际贸易和商品流通中的标准化标识，用于分类、统计和识别商品。合法使用商品编码是商业活动的常规操作，例如在进出口报关、物流运输、商品销售等环节准确标注商品编码，属于正常的商业行为，不涉及违法问题。

2. 可能违法的使用情形

   • 逃避监管或偷逃税款：若双方通过篡改、伪造商品编码（如将高税率商品编码为低税率商品），以减少关税或增值税缴纳，可能构成《刑法》第二百零一条规定的“逃税罪”，或违反《海关法》关于进出口货物申报的规定。
   • 侵犯知识产权或商业秘密：若商品编码涉及特定企业的专利技术、商业秘密（如某些定制化编码体系），未经授权使用可能构成《反不正当竞争法》第九条规定的“侵犯商业秘密”行为。
   • 欺诈或误导消费者：若通过虚假商品编码掩盖商品真实属性（如将劣质商品编码为优质商品），可能违反《消费者权益保护法》第二十条关于“真实信息告知”的规定，或构成《产品质量法》第五十条规定的“以次充好”行为。

3. 法律后果与风险防范

   • 行政责任：违反海关、税务或市场监管规定的，可能面临罚款、没收违法所得、责令改正等行政处罚。
   • 刑事责任：若行为构成逃税罪、走私普通货物罪等，可能被追究刑事责任，处三年以下有期徒刑或拘役，并处罚金。
   • 民事责任：因欺诈或侵权导致对方损失的，需承担赔偿损失等民事责任。
   • 风险防范建议：
     • 确保商品编码使用符合行业规范和法律法规要求；
     • 避免通过编码篡改逃避监管或误导交易相对方；
     • 在合同中明确商品编码的准确性和使用规则，避免纠纷。

总结：商品编码的合法使用是商业活动的基础，但若用于非法目的（如逃税、欺诈、侵权等），则可能触犯法律。建议双方在使用商品编码时严格遵守相关规定，必要时可咨询专业律师对具体操作进行合规审查。如有进一步疑问，可直接向我咨询。