结论：做服务员签了半年合同，做了三个月后辞职是否会扣工资，这主要取决于辞职的原因以及合同中的相关约定。以下从不同情况进行分析：
合法辞职且无违约情形：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。在试用期内提前三日通知用人单位，也可以解除劳动合同。若您按照法律规定提前通知了用人单位，并且没有违反合同中的其他约定（如竞业限制、保密义务等），那么用人单位通常不应扣除您的工资。
- 法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》第三十七条：“劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。”
违法辞职或存在违约情形：
- 如果您未按照法律规定提前通知用人单位，或者违反了合同中的其他约定（如擅自离职、泄露商业秘密等），用人单位可能会根据合同约定或法律规定扣除您的工资作为违约金或赔偿金。但需要注意的是，根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，除特定情形外（如服务期约定、竞业限制约定等），用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。
- 特殊情形：如果合同中明确约定了因劳动者原因提前离职需支付违约金，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么您可能需要按照合同约定支付违约金。但违约金的数额应当合理，不得过高。
- 法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》第二十二条：“用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。”以及第二十三条：“用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。”
合同未明确约定且无法律规定：
- 如果合同中没有明确约定提前离职需扣除工资或支付违约金，且您的行为也不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位通常无权扣除您的工资。
建议：
- 在辞职前，建议您仔细阅读合同中的相关条款，了解自己的权利和义务。
- 如果您打算提前离职，最好按照法律规定提前通知用人单位，并尽量与用人单位协商解决相关事宜，以避免不必要的纠纷。
- 如果用人单位确实存在违法扣除工资的行为，您可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
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