公司未经通知员工而查住宿发票的行为是否合法，需分情况讨论：

1. 若公司基于内部财务管理制度进行审查，且该制度已向员工公示或告知
   根据《劳动合同法》第四条，用人单位有权依法制定内部规章制度，但需满足两个条件：

   • 内容合法：不得违反法律强制性规定（如侵犯隐私权）；
     
   • 程序合法：需经民主程序制定（如职工代表大会讨论）并公示或告知员工。
     若公司查发票行为符合上述条件，且审查范围限于与工作相关的费用（如差旅住宿），通常属于合法管理行为，无需单独通知员工。

2. 若公司未公示制度或超出合理审查范围

   • 侵犯隐私权风险：若公司未经员工同意，擅自调取与工作无关的个人住宿信息（如员工私人旅行发票），可能违反《民法典》第1032条关于隐私权的规定，员工可要求公司停止侵害并赔偿损失。
     
   • 程序瑕疵风险：若公司未通过合法程序制定审查制度，员工可主张该制度无效，并拒绝配合非必要的审查。

3. 特殊情形：涉嫌违法犯罪的调查
   若公司有合理依据怀疑员工存在贪污、虚开发票等违法行为，可依据《刑事诉讼法》相关规定向公安机关报案，由司法机关依法调查。此时公司无需提前通知员工，但需确保调查依据充分，避免滥用权利。

建议：

• 对员工：若认为公司行为侵权，可要求公司出示审查依据的规章制度；若涉及隐私侵犯，可收集证据并依法维权。
  
• 对公司：应完善内部审查流程，明确审查范围（如仅限差旅费用），并通过培训或公示告知员工，避免法律风险。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的法律应对方案。