当电瓶车承担次要责任，而机动车承担主要责任时，赔偿问题确实需要依据《中华人民共和国道路交通安全法》及其实施条例、《中华人民共和国民法典》（侵权责任编）等相关法律法规来处理。以下是我为您详细梳理的赔偿流程和注意事项：
一、责任划分与赔偿原则
责任划分：
- 交警部门会根据事故现场的具体情况，包括双方的行为对事故发生的作用以及过错的严重程度，来出具交通事故责任认定书。这份认定书会明确电瓶车和机动车各自的责任比例，比如电瓶车次责可能承担10%至30%的责任，而机动车主责则可能承担70%至90%的责任。
赔偿原则：
- 赔偿将按照各自过错的比例来分担。这意味着电瓶车方需要承担次要的赔偿责任，而机动车方则需要承担主要的赔偿责任。
- 赔偿范围广泛，包括人身损害赔偿（如医疗费、误工费、护理费、交通费等）和财产损失赔偿（如车辆维修费、物品损失等）。
二、赔偿流程
协商处理：
- 事故发生后，双方应首先尝试通过友好协商来解决赔偿事宜。如果能够达成一致，可以签订赔偿协议并按照协议履行。
保险理赔：
- 机动车通常都会投保交强险和商业三者险。在这种情况下，应先由保险公司在交强险责任限额内进行赔偿。如果交强险的赔偿不足以覆盖损失，再根据商业三者险的合同进行进一步的赔偿。
- 电瓶车如果也购买了相关保险（如意外险），同样可以向保险公司申请理赔。
诉讼解决：
- 如果双方协商不成，或者保险理赔的金额不足以覆盖损失，受损方可以向法院提起诉讼。法院将根据事故责任认定书和相关证据，判决双方按照责任比例承担赔偿责任。
三、赔偿项目与计算方式
人身损害赔偿：
- 医疗费：根据医疗机构出具的医药费、住院费等收款凭证，结合病历和诊断证明来确定。
- 误工费：根据受害人的误工时间和收入状况来确定。误工时间由医疗机构出具的证明确定，收入状况则根据受害人实际减少的收入来计算。
- 护理费：根据护理人员的收入状况和护理人数、护理期限来确定。护理人员有收入的，参照误工费的规定计算；无收入的，则参照当地护工从事同等级别护理的劳务报酬标准来计算。
- 交通费：根据受害人及其必要的陪护人员因就医或转院治疗实际发生的费用来计算，以正式票据为凭。
- 其他费用如营养费、残疾赔偿金、精神损害抚慰金等，也可根据实际情况来主张。
财产损失赔偿：
- 根据车辆维修费发票、物品损失清单等证据来确定赔偿金额。
四、注意事项
保留证据：
- 事故发生后，应及时报警并保留好相关证据，如事故现场照片、医疗费用单据、工资流水等，以便后续索赔。
了解保险条款：
- 在购买保险时，应仔细阅读保险条款，了解保险责任和免责范围，避免在理赔时出现纠纷。
及时维权：
- 如果对方拒绝赔偿或协商不成，应及时通过法律途径来维护自身权益，避免错过诉讼时效。
希望这些信息能够帮助您更好地理解电瓶车次要责任、机动车主要责任时的赔偿流程和注意事项。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。