中介机构在税务机关查出企业税款问题时的责任承担，需根据其过错程度、行为性质及法律规定综合判断，可能涉及行政责任、民事责任甚至刑事责任，具体如下：

1. 行政责任
   若中介机构在编制报告过程中存在故意隐瞒、虚假陈述或重大过失（如未履行基本核查义务、违反行业规范），导致税务机关认定企业存在少缴、漏缴税款行为，税务机关可依据《税收征收管理法》及其实施细则，对中介机构处以罚款、没收违法所得、暂停执业资格等行政处罚。例如，中介机构故意协助企业伪造账目、虚构交易，可能被认定为“与纳税人勾结偷税”，面临更高额罚款。

2. 民事责任
   企业因中介机构过错导致被追缴税款、滞纳金或罚款的，可依据《民法典》第1165条（过错责任原则）要求中介机构赔偿实际损失。赔偿范围包括：

   • 企业已补缴的税款及滞纳金；
     
   • 因税务处罚导致的直接经济损失（如罚款、信用评级下降导致的融资成本增加）；
     
   • 合理维权费用（如律师费、诉讼费）。
     关键点：企业需证明中介机构存在过错（如未尽专业审慎义务）且过错与损失之间存在因果关系。

3. 刑事责任（极端情形）
   若中介机构与企业管理层共谋实施逃税行为（如虚构业务、隐匿收入），且逃税金额达到《刑法》第201条规定的“数额较大”（通常为5万元以上）标准，中介机构直接负责的主管人员和其他直接责任人员可能构成逃税罪共犯，面临3年以下有期徒刑或拘役，并处罚金；若逃税金额巨大（通常为25万元以上），可能被判处3-7年有期徒刑，并处罚金。

实务建议：

• 企业角度：选择中介机构时应核查其资质、信誉及过往执业记录，签订书面合同明确责任划分，保留交易凭证、沟通记录等证据。
  
• 中介机构角度：应严格遵循《注册会计师法》《税务师职业资格制度暂行规定》等规范，履行尽职调查义务，避免出具不实报告；若发现企业存在税务风险，应及时提示并拒绝配合违法行为。
  

提示：具体责任需结合报告类型（如审计报告、税务鉴证报告）、过错性质（故意/过失）及损失金额综合判定。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的法律风险。