甲方可以报警，但需分情况讨论后续处理方式，具体分析如下：

1. 合同款“不翼而飞”的性质认定
   若甲方发现合同款被非法转移、侵占或存在其他涉嫌犯罪的情形（如盗窃、诈骗、职务侵占等），无论乙方是否死亡，均属于公安机关管辖范围，甲方有权立即报警。警方会依法调查资金流向、行为人主观故意等关键事实，若查实存在犯罪行为，将追究相关责任人刑事责任。

2. 乙方死亡对刑事责任的影响
   根据《刑事诉讼法》第16条，犯罪嫌疑人、被告人死亡的，不再追究刑事责任。若合同款“不翼而飞”系乙方个人行为（如私自挪用、侵占），且乙方已死亡，公安机关可能终止刑事调查，但会通过侦查固定证据，明确资金去向，为后续民事追偿提供依据。

3. 民事追偿的独立性
   乙方死亡不免除其遗产继承人的民事责任。根据《民法典》第1161条，继承人以所得遗产实际价值为限清偿被继承人依法应当缴纳的税款和债务。甲方可向法院提起民事诉讼，要求乙方的继承人在继承遗产范围内返还合同款。若继承人放弃继承，法院可直接用乙方遗产清偿债务。

4. 关键行动建议

   • 立即报警：固定资金流失的证据（如转账记录、合同文本、沟通记录等），便于警方调查是否涉及犯罪；
     
   • 同步起诉继承人：向法院申请财产保全，防止遗产被转移，同时提起民事诉讼主张返还合同款；
     
   • 核查合同条款：若合同中约定了违约责任或担保条款（如保证金、抵押物），可一并主张权利。

总结：甲方应优先通过报警排查刑事犯罪可能，同时启动民事程序追偿，两者并行不悖。若需进一步分析证据效力或诉讼策略，可向我提供具体合同内容及资金流向细节，我会结合实务经验为您制定方案。