劳动合同是否可以直接由公司存档到个人档案中，并没有一个绝对的答案，而是需要根据具体情况和相关规定来综合判断。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
法律法规角度：
- 目前，并没有明确的法律法规强制要求所有劳动合同都必须无条件地放入个人档案。劳动合同的管理与存放，更多是基于用人单位的内部管理制度和实际需要。
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第十六条，劳动合同文本由用人单位和劳动者各执一份，这主要是为了保障双方能够随时查阅并依据合同约定行使权利、履行义务。该条款并未规定劳动合同必须存入个人档案。
企业内部管理制度角度：
- 一些企业可能会根据自身需要，规定劳动合同一式三份，甲乙双方各执一份，并存入乙方（劳动者）档案一份。这种做法虽然不是法律强制性要求，但可以作为企业内部管理的一种方式。
- 如果企业有这样的规定，并且劳动者也同意，那么将劳动合同存入个人档案是可行的。但企业应确保这一做法不违反相关法律法规，并充分保障劳动者的权益。
劳动者个人需求角度：
- 劳动者如有将劳动合同放入档案的需求，比如为了职称评定、工龄计算等，应首先了解所在企业的相关规定，并按照规定流程提交申请。
- 如果企业同意将劳动合同存入档案，劳动者应确保自己手中也保留有一份劳动合同的原件或副本，以备不时之需。
不放入档案的考虑与建议：
- 如果用人单位决定不将劳动合同放入档案，应确保该决定不违反相关法律法规，并充分考虑劳动者的权益保护。例如，用人单位可以告知劳动者劳动合同的保管方式，并确保劳动者能够随时查阅。
- 无论劳动合同是否放入档案，劳动者都应自行保存一份原件或副本。这是因为，在解决劳动争议时，劳动合同是重要的法律依据。如果劳动者手中没有劳动合同，可能会面临举证困难的问题。
实际操作中的注意事项：
- 如果劳动合同被放入档案，劳动者在需要查看合同条款以维护权益时，可能受到档案管理规定的限制，无法及时获取合同文本。因此，劳动者在考虑是否将劳动合同放入档案时，应权衡这一因素。
- 用人单位在处理劳动合同存档问题时，应确保程序的合法性和合规性，避免因操作不当而引发法律纠纷。
总结与建议：
劳动合同是否可以直接由公司存档到个人档案中，并没有一个固定的答案。它取决于用人单位的内部管理制度、劳动者的个人需求以及相关法律法规的规定。因此，建议用人单位和劳动者在处理这一问题时，应充分沟通、协商，并确保符合相关法律法规的要求。如果劳动者对此有疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见。