综合工时制下陪产假的计算，需结合地方性法规及企业工时制度综合判断，核心结论如下：

1. 陪产假天数由地方性法规直接规定，与工时制度无关
   根据《人口与计划生育法》及各地实施细则，陪产假天数通常为固定值（如北京15天、上海10天、广东15天等），由省级政府根据实际情况制定，不因企业采用综合工时制而改变。例如，广东省规定男方享受15日陪产假，无论企业实行标准工时制还是综合工时制，均按此天数执行。

2. 综合工时制下陪产假的工资支付标准

   • 工资基数：需按劳动合同约定的工资标准或企业规章制度确定，但不得低于当地最低工资标准。
     
   • 支付方式：若陪产假期间包含法定休假日（如春节、国庆等），根据《企业职工带薪年休假实施办法》及地方规定，法定休假日不计入陪产假天数，企业需按正常工资支付；若包含休息日（如周末），部分地区（如江苏）明确规定陪产假包含休息日，企业无需额外支付工资。
     
   • 特殊情形：若企业因生产需要无法安排员工连续休假，可与员工协商分段休假，但需确保总天数符合地方规定，且分段期间工资支付标准不变。

3. 综合工时制下陪产假的工时抵扣规则

   • 工时计算逻辑：综合工时制以周、月、季或年为周期综合计算工作时间，陪产假期间虽未提供劳动，但不抵扣周期内总工时。例如，某企业实行以月为周期的综合工时制，员工月标准工时为166.64小时，若该员工在当月享受15天陪产假（按120小时计算），其当月实际工作时间可为46.64小时（166.64-120），企业不得以“未完成工时”为由扣减工资或要求补班。
     
   • 加班认定：若员工在陪产假结束后，因企业生产需要加班，其加班工时仍按综合工时制规则计算（如月总工时超过166.64小时的部分按150%支付加班费）。

实务建议：

• 企业应在规章制度中明确陪产假的申请流程、工资支付标准及工时抵扣规则，避免争议；
  
• 员工在申请陪产假时，应留存结婚证、出生证明等材料，以便企业核验休假资格；
  
• 若地方性法规对陪产假有特殊规定（如需提前申请、分段休假限制等），需优先遵循地方规定。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体地区的操作细节。