结论：不同居几年后申请相关权益是否受法律保护，这主要取决于您想要申请的具体权益类型以及不同居的具体情况。以下我将从几个常见角度进行分析。
关于离婚诉讼中的分居时间：
- 在离婚诉讼中，如果夫妻双方因感情不和已经分居满两年，这通常被视为感情破裂的一个法定情形，法院在调解无效的情况下，可能会判决离婚。但这里的关键是“因感情不和分居”，且需要达到“满两年”的标准，同时，这主要是影响离婚判决，而非直接决定其他权益的归属。
关于财产分割：
- 不同居并不直接决定财产如何分割。财产分割主要依据的是婚姻期间的财产积累情况、双方的贡献、以及是否存在过错等因素。如果双方在分居期间没有就财产进行特别约定，那么婚姻期间的财产原则上仍属于共同财产，离婚时需要进行分割。
关于子女抚养权：
- 子女抚养权的归属主要考虑的是子女的利益最大化原则，包括子女的年龄、健康状况、成长环境、父母的经济能力和抚养条件等因素。不同居的时间长短并不是决定子女抚养权的唯一或主要因素。
关于其他权益：
- 如果您想要申请的是其他特定权益，比如赡养费、精神损害赔偿等，这些权益的获得通常需要满足特定的法律条件，而不同居的时间长短可能只是其中的一个考量因素，并非决定性因素。
法律建议：
- 如果您和对方已经长时间不同居，并且考虑通过法律途径解决相关问题，我建议您首先明确自己想要申请的具体权益类型。
- 接着，收集相关证据来支持您的申请，比如分居期间的通信记录、财产证明、子女抚养情况等。
- 最后，咨询专业律师（即我，唐章富律师，专注于婚姻家庭领域），根据您的具体情况制定合适的法律策略。
可能法律后果：
- 如果您没有充分的证据来支持您的申请，或者申请不符合法律规定的条件，那么您的申请可能会被法院驳回。
- 另一方面，如果您的申请得到法院的支持，那么您将获得相应的法律权益，比如离婚判决、财产分割、子女抚养权等。
总之，不同居几年后申请相关权益是否受法律保护，取决于多种因素。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。