在检察机关审查起诉阶段，案件确实有可能因已过追诉时效而不再被追究刑事责任。以下是对这一问题的详细分析：
一、追诉时效的基本概念与法律规定
追诉时效是刑法规定的对犯罪分子追究刑事责任的有效期限。根据《中华人民共和国刑法》第八十七条的规定，不同法定最高刑的犯罪，其追诉时效期限也不同。具体来说：
- 法定最高刑为不满五年有期徒刑的，经过五年不再追诉；
- 法定最高刑为五年以上不满十年有期徒刑的，经过十年不再追诉；
- 法定最高刑为十年以上有期徒刑的，经过十五年不再追诉；
- 法定最高刑为无期徒刑、死刑的，经过二十年不再追诉。如果二十年以后认为必须追诉的，须报请最高人民检察院核准。
二、审查起诉阶段发现案件已过追诉时效的处理方式
在检察机关审查起诉阶段，如果发现案件已过追诉时效，根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条的规定，检察机关应当作出不起诉决定。这意味着，即使犯罪嫌疑人涉嫌犯罪，但只要案件超过了追诉时效，检察机关将依法不予起诉，从而终止刑事诉讼程序。
三、特殊情况下的追诉时效
尽管一般情况下超过追诉时效就不再追究刑事责任，但法律也规定了某些特殊情形下的追诉规则。这些特殊情况包括：
- 最高检核准追诉：对于法定最高刑为无期徒刑、死刑的严重犯罪，如果二十年以后认为必须追诉，须报请最高人民检察院核准。这适用于那些犯罪行为极其恶劣、社会影响极大的案件，即使时间久远，也可经最高检核准后进行追诉。
- 不受追诉期限限制的情形：根据《中华人民共和国刑法》第八十八条的规定，有两种情况不受追诉期限的限制。一是在人民检察院、公安机关、国家安全机关立案侦查或者在人民法院受理案件后，逃避侦查或者审判的；二是被害人在追诉期限内提出控告，而人民法院、人民检察院、公安机关应当立案而不予立案的。在这两种情况下，无论过了多长时间，都可以对犯罪嫌疑人进行追诉。
四、法律后果与意义
- 法律后果：一旦案件被认定为已过追诉时效，检察机关将作出不起诉决定，犯罪嫌疑人将不再受到刑事追究。这既体现了法律的严肃性，也符合刑罚的及时性原则。
- 意义：追诉时效制度有助于督促司法机关及时行使职权，维护法律秩序的稳定。同时，它也保护了犯罪嫌疑人的合法权益，避免其因过时的法律纠纷而遭受不必要的困扰和损失。
五、实际操作中的注意事项
- 严格审查时效：检察机关在审查起诉阶段应严格审查案件的追诉时效，确保不遗漏任何可能影响案件处理的因素。
- 特殊情况处理：对于涉及特殊情况（如最高检核准追诉或不受追诉期限限制的情形）的案件，检察机关应依法进行特殊处理，确保案件的公正、合理处理。
总结来说，在检察机关审查起诉阶段，案件确实有可能因已过追诉时效而不再被追究刑事责任。但需注意特殊情况下的追诉时效延长或不受限制情形。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。