结论：在您偿还农商银行40万并取得结清证明后，从理论上讲，您的负债总额会减少40万，变为50万，但实际情况可能因其他债务的存在、债务的确认方式以及是否存在其他法律关系而有所不同。以下是对此问题的详细分析：
一、理论上的负债减少
债务清偿的基本原则：
- 当您偿还了农商银行的40万贷款，并取得了结清证明，这意味着您与农商银行之间的这笔债务关系已经终结。
- 从会计和财务的角度来看，您的负债总额会相应减少40万。
负债总额的计算：
- 假设您原本的总负债为90万，其中农商银行贷款为40万，其他债务为50万。
- 偿还农商银行40万后，您的负债总额将变为50万（即原其他债务50万，农商银行债务已清偿）。
二、实际情况的复杂性
其他债务的存在：
- 如果您除了农商银行的40万贷款外，还有其他债务（如信用卡欠款、其他银行贷款、个人借款等），那么您的总负债并不会因为偿还了农商银行的贷款而完全减少到50万（如果仅考虑这90万债务的话）的“简单”状态，而是需要看其他债务是否也有变动。但在此问题的语境下，我们假设其他债务未变，因此从90万中减去40万，理论上剩余50万。
- 关键点：需确认所有债务的准确数额和状态。
债务的确认方式：
- 债务的确认通常依赖于债权人的记录和您的还款记录。
- 即使您偿还了部分债务，也需要确保债权人已经更新了其记录，并出具了相应的结清证明或还款确认书。
法律关系的考量：
- 如果您与其他债权人之间存在法律纠纷或争议，那么您的实际负债可能会受到法律程序的影响。
- 例如，如果其他债权人对您提起了诉讼，并获得了法院的判决要求您偿还更多债务，那么您的实际负债可能会增加。
三、建议与注意事项
核实债务总额：
- 在偿还任何债务之前，建议您先核实自己的总负债情况，包括所有债权人的名称、债务金额、还款期限等。
保留还款证据：
- 偿还债务后，务必保留好还款凭证和结清证明，以备将来可能出现的争议或纠纷。
咨询专业意见：
- 如果您对自己的负债情况有任何疑问或担忧，建议咨询专业的财务顾问或律师，以获取更详细和准确的建议。
示例说明：假设您原本有三笔债务：农商银行40万、信用卡欠款20万、个人借款30万，总计90万。在偿还了农商银行的40万并取得结清证明后，您的负债将变为信用卡欠款20万和个人借款30万，总计50万（仅考虑这三笔债务）。但如果您还有其他未列出的债务，或者上述债务中有变动（如信用卡欠款产生了利息或罚息），则实际负债可能会有所不同。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。