诊所查出过期药品的处罚标准主要依据《中华人民共和国药品管理法》的相关规定，以下是对此问题的详细解答：

一、过期药品的认定

根据《药品管理法》，过期药品被明确界定为劣药。这意味着，一旦诊所被查出使用或存储过期药品，将面临针对劣药的相应处罚。

二、处罚措施

1. 一般情形：

   • 诊所若被查出有过期药品，药品监督管理部门将没收这些违法药品以及诊所因销售这些药品所获得的违法所得。
   • 同时，诊所还将面临违法生产、销售的药品货值金额十倍以上二十倍以下的罚款。若违法零售的药品货值金额不足一万元，则按一万元计算罚款。

2. 情节严重的情形：

   • 如果诊所的违法行为情节严重，除了上述罚款外，还可能被责令停产停业整顿。
   • 在极端情况下，诊所的药品批准证明文件、药品生产许可证、药品经营许可证或医疗机构制剂许可证甚至可能被吊销。

3. 对责任人员的处罚：

   • 除了对诊所本身的处罚外，诊所的法定代表人、主要负责人、直接负责的主管人员和其他责任人员也将受到处罚。他们的违法行为发生期间自本单位所获收入将被没收，并处所获收入百分之三十以上三倍以下的罚款。
   • 这些责任人员还可能面临十年内禁止从事药品生产经营活动的处罚，情节严重的甚至可能终身禁止从事该行业。

三、实际执法中的考量因素

药品监督管理部门在具体执法过程中，会综合考虑多种因素来确定最终的处罚幅度，这些因素包括但不限于诊所过期药品的种类、数量、货值金额、是否造成实际危害后果以及诊所的整改态度等。

四、其他法律责任

如果诊所出售过期药品造成他人损害，除了上述行政处罚外，诊所还需要承担损害赔偿责任。在极端情况下，如果使用过期药品造成严重后果（如患者重伤、死亡），相关责任人员甚至可能面临刑事责任。

五、合规建议

为了避免上述法律风险，诊所应建立严格的药品管理制度，包括定期检查库存、建立药品效期预警系统、确保过期药品立即下架并依法销毁等。同时，诊所还应加强员工培训，提高员工对药品管理法规的认识和遵守意识。

综上所述，诊所查出过期药品将面临严重的法律后果，包括罚款、停业整顿、吊销许可证以及对责任人员的处罚等。因此，诊所应严格遵守相关法律法规，确保药品在有效期内使用，以保障患者安全并避免法律风险。