针对您提出的“还款当日凌晨扣款失败，但晚上往卡里打钱是否会算逾期”的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要根据具体情况来综合判断。以下是我为您提供的详细分析：
一、扣款失败的原因
首先，我们需要明确扣款失败的原因。如果扣款失败是由于金融机构的系统问题，如银行系统升级、维护或故障等导致的，那么责任通常在于金融机构，您在这种情况下通常不会被视为逾期。但为了确保自身权益，建议您保存好相关证据，如系统提示信息、与客服的沟通记录等。
然而，如果扣款失败是由于您自身的原因，如账户余额不足、银行卡被冻结或挂失等，那么责任就在您这边。在这种情况下，如果您没有在还款日之前或宽限期内补足款项，那么一般会被认定为逾期。
二、贷款合同及宽限期条款
接下来，我们需要查看您的贷款合同中是否有关于还款日和宽限期的具体条款。贷款合同中通常会明确约定还款日、还款方式以及逾期的后果等。如果合同中规定了还款宽限期，并且您在宽限期内完成了还款，那么即使还款日当天扣款失败，也不会被视为逾期。
但请注意，宽限期的具体天数和条件可能因金融机构而异。因此，您需要仔细阅读合同条款，了解宽限期的具体规定。
三、您的具体操作与后果
针对您的情况，如果还款日凌晨扣款失败，但您在晚上往卡里打了钱，是否算逾期取决于以下几个因素：
金融机构的扣款时间：您需要了解金融机构的扣款时间是否仅限于凌晨，还是会在一天中的其他时间也进行尝试。如果金融机构在晚上还会尝试扣款，并且成功扣除了款项，那么您就不会被视为逾期。
宽限期的存在：如果您的贷款合同中有宽限期条款，并且您在宽限期内完成了还款（包括晚上打钱的情况），那么您也不会被视为逾期。
及时沟通：无论哪种情况，我都建议您及时与金融机构沟通，说明扣款失败的原因和您已经采取的措施（如晚上打钱）。这样可以帮助金融机构更好地了解您的情况，并避免不必要的误解和纠纷。
四、建议与总结
为了避免类似情况的发生，我建议您在还款日前确保账户资金充足，并留意金融机构的扣款时间。如果遇到扣款失败等问题，及时与金融机构沟通并采取措施解决。同时，也要珍惜个人信用记录，按时还款以避免逾期带来的不良后果。
综上所述，还款日凌晨扣款失败但晚上往卡里打钱是否算逾期，取决于扣款失败的原因、贷款合同的具体条款以及宽限期的存在与否。为了确保自身权益和避免不必要的麻烦，我建议您仔细阅读合同条款、了解宽限期规定，并在遇到问题时及时与金融机构沟通。